发行说明

这个版本有很多改进和修正。我们感谢所有发送评论、错误报告、补丁或只是问题的人。没有他们的贡献，igraph 肯定会比现在逊色很多。请继续发送您的评论和想法！

以下是主要更改列表，包含指向文档相关部分的链接。完整的更改列表请参见下文。

图同构

igraph 现在包含了 BLISS 图同构算法和实现。这个和改进的 VF2 实现（现在可以计算子图同构）使 igraph 支持图同构算法的最新技术。非常感谢 BLISS 的作者。请参阅 参考手册，R 文档或 Python 文档中的详细信息。

ARPACK 用于特征值问题

ARPACK 是一个用于解决大规模稀疏特征值问题的库。在 igraph 中，它非常方便，因为许多中心性问题实际上是特征值问题：Kleinberg 的 hub 和 authority 分数、PageRank、leading eigenvector 社区检测算法是一些例子。非常感谢 ARPACK 的作者和 James Fowler，他建议将其包含在 igraph 中。

请参阅 文档中的详细信息。

其他部分

轻松创建著名图

可以通过给出名称来创建一些经典图。如果需要快速测试图，这非常方便。请参阅 graph.famous()。（这个想法基于 Combinatorica，一个 Mathematica 扩展。）

使用公式创建图

新的 graph.formula() 函数提供了一种简单、简洁的方式来创建（小型）图。手册页中包含了大量示例。

加权图的改进

许多函数已更新以处理加权图：fast greedy 社区检测 (fastgreedy.community) Page Rank (page.rank), 模块化计算 (modularity), Fruchterman-Reingold 布局算法 (layout.fruchterman.reingold。

非简单图

添加和改进了一些函数以更好地处理非简单图（即具有循环和/或多重边的图）：测试图是否简单 (simplify)，测试循环边 (is.loop)，测试多重边 (is.multiple) 和计算边的重数 (count.multiple。

graphopt 布局算法

这是一个很好的基于力的布局算法。请参阅 文档以获取详细信息。

支持 DOT 文件格式

igraph 现在可以将图写入 GraphViz 使用的 DOT 格式的文件中。请参阅 文档。

Dyad 和 Triad 普查

用于对 dyad (dyad.census) 和 triad (triad.census) 进行分类的经典社交网络分析工具。

双连通分量和铰接点

igraph 现在能够计算 双连通分量 和
割点.

R 图形改进

R 图形有一些小的改进。新的图形参数：frame、asp、rescale 和 shape 用于不同的顶点形状，目前只支持圆形和正方形。plot.igraph 有一个参数 (add) 用于在同一图上绘制多个图，可能彼此叠加。它现在还支持 main 和 sub 参数。在此处查看更多信息。

在中断计算后始终在 R 中释放内存

在以前版本的 igraph R 包中，如果计算中断，则不会释放已分配的内存。这肯定会影响 MS Windows 平台，也可能影响 OSX。（不是 Linux。）igraph 0.5 在中断后正确地在所有平台上取消分配所有内存。

估计接近度和介数

可以通过指定要考虑的路径长度的上限来快速估计这些度量。这对于较大的图很有用，对于较大的图，计算需要很长时间。请参阅 closeness、betweenness 和 edge betweenness 的文档。

顶点相似性度量的函数

引入了两种基于公共邻居数量的顶点相似性度量：Jaccard 和 Dice 相似性。有关详细信息，请参阅 手册。

R 中的正确警告

到目前为止，使用 igraph R 包时，igraph 警告会被转储到控制台。在许多情况下，这意味着它们实际上丢失了。在新版本中，igraph 警告会转换为正确的 R 警告。

R 接口中的新功能

• 添加了 rescale、asp 和 frame 图形参数
• 从公式符号创建图 (graph.formula)
• 正确处理图属性
• 计算无向图的实际最小割
• 邻接表，添加了 get.adjlist 和 get.adjedgelist
• 特征向量中心性计算现在快得多
• 正确的 R 警告，而不是将警告写入终端
• R 现在检查图形参数，未知的参数不仅仅被忽略，而是给出一个错误消息。
• plot.igraph 现在有一个 add 参数，用于组合具有多个图的图
• plot.igraph 支持 main 和 sub 参数
• layout.norm 现在是公共的，它可以规范化布局
• 可以将启动位置提供给布局生成器
• 在所有操作系统中，当按下 CTRL+C/ESC 时始终释放内存
• plot.igraph 现在可以绘制方形顶点，请参阅 shape 参数
• 创建加权图时重写 graph.adjacency

• 我们尽可能使用 match.arg。这意味着字符标量选项可以缩写，并且它们始终不区分大小写

• VF2 图同构例程现在可以检查子图同构，并且能够返回匹配
• BLISS 图同构算法现在包含在 igraph 中。请参阅 canonical.permutation、graph.isomorphic.bliss
• 我们使用 ARPACK 进行特征值/特征向量计算。这意味着以下函数被重写：page.rank、leading.eigenvector.community.*、evcent。基于 ARPACK 的新函数：hub.score、authority.score、arpack。
• Fruchterman-Reingold 布局的边权重 (layout.fruchterman.reingold)。
• 线图计算 (line.graph)
• Kautz 和 de Bruijn 图生成器 (graph.kautz、graph.de.bruijn)
• 支持以 DOT 格式写入图
• 添加了 Jaccard 和 Dice 相似性系数 (similarity.jaccard、similarity.dice)
• 计算边的重数 (count.multiple)
• 添加了 graphopt 布局算法，layout.graphopt
• 生成“著名”图 (graph.famous)。
• 从 LCF 表示法创建图 (graph.cf)。
• Dyad census 和 triad cencus 函数 (dyad.census、triad.census)
• 检查简单图 (is.simple)
• 创建完整引用网络 (graph.full.citation)
• 创建路径长度的直方图 (path.length.hist)
• 添加了森林火灾模型 (forest.fire.game)
• DIMACS 阅读器现在可以处理不同的文件类型
• 双连通分量和割点 (biconnected.components、articulation.points)
• Kleinberg 的 hub 和 authority 分数 (hub.score、authority.score)
• as.undirected 现在处理属性
• 几何随机图生成器 (grg.game) 可以返回顶点的坐标
• 添加了将 leading eigenvector 社区结构结果转换为成员向量的函数 (community.le.to.membership)
• 加权快速贪婪社区检测
• 加权 page rank 计算
• 通过引入路径长度的截止值来估计 closeness、betweenness、edge betweenness 的函数 (closeness.estimate、betweenness.estimate、edge.betweenness.estimate)
• 加权模块化计算
• 用于置换顶点的函数 (permute.vertices)
• 加快了 Betweenness 和 closeness 计算
• read.graph 现在可以处理所有可能的行终止符 (\r、\n、\r\n、\n\r)
• 为 walktrap 社区检测重写了错误处理，现在可以中断计算
• maxflow/mincut 函数允许为边容量提供 NULL 指针，这意味着所有边的单位容量

R 接口中更正的错误

• 修复了 cohesive.blocks 中的一个 bug，有时 cohesive blocks 计算不正确