新闻

关于 igraph 发布和其他事项

交叉发布在 cynkra 博客上。

一年前,我们在 cynkra 的一个小团队向 R Consortium 的 ISC 提交了一个项目提案,该提案已获得批准。我们非常感谢这项 支持。在这篇文章中,我们将解释我们项目的动机是什么,我们完成了什么……以及我们希望接下来做什么!

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C/igraph 0.10.15,0.10 系列的第十三个错误修复版本,已经发布,其中包含多个新添加、错误修复和性能改进。与往常一样,可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

以下是 0.10.15 中的更改摘要。

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python-igraph 0.11.8,0.11 系列的第七个错误修复版本,已经发布。此版本的主要原因是将 igraph 的 C 核心更新到 0.10.14,这带来了一些错误修复以及一些新函数到 Python 接口。此版本还增加了对 Python 3.13 的支持。请参阅 更改日志 以获取更多详细信息。

安装 Python 接口的首选方式是通过 pip;键入 pip install igraph 应在大多数支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python Package Index 页面获得。

请继续阅读以获取有关 0.11.8 版本中更改的更多详细信息。

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python-igraph 0.11.6,0.11 系列的第六个错误修复版本,已经发布。此版本的主要原因是将 igraph 的 C 核心更新到 0.10.13,这带来了一些错误修复以及一些新函数到 Python 接口。请参阅 更改日志 以获取更多详细信息。

安装 Python 接口的首选方式是通过 pip;键入 pip install igraph 应在大多数支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python Package Index 页面获得。

请继续阅读以获取有关 0.11.6 版本中更改的更多详细信息。

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C/igraph 0.10.13,0.10 系列的第十二个错误修复版本,已经发布,其中包含多个新添加、错误修复和性能改进。与往常一样,可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

以下是 0.10.13 中的更改摘要。

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此主要版本使开发与 igraph C 库保持一致。R 软件包的 1.6.0 版本使用了 C 核心的 0.9.10 版本。C 核心 0.10 系列中的更改现在已包含在 R 软件包的 2.0 版本中。让 R 软件包使用 C 核心的最新版本是一项巨大的努力,这是一个伟大的里程碑,它使 C 核心 0.10 版本的许多改进可供 R 用户使用。

C 核心中所做的改进将更容易在 R 软件包的功能中使用。请参阅 C 核心的 完整更改日志。虽然我们试图保持与 R 接口 1.6.0 版本的兼容性,但并非总是可行。请参阅 R 软件包更改日志中的“重大更改”部分(重大更改部分)。如果您维护一个依赖于 igraph 的软件包,您可能已经收到我们的消息。

迁移到 C/igraph 的 0.10 版本带来了许多质量改进,包括在 64 位计算机上支持具有数十亿个顶点和边的图形,更严格的错误检查,以及许多对跨功能的鲁棒性、可靠性和数学一致性的改进。

未来的工作将旨在进一步自动化从 C 代码生成 R 代码,从而使改进的 C 核心功能更快地提供给 R 用户。此外,我们计划公开更多的 C 核心功能,因为并非所有功能都已提供给 R 用户。

文档改进

igraph R 软件包现在有一个 网站,该网站是用流行的 pkgdown R 软件包生成的,也就是说,一个具有可预测结构并包含搜索功能的网站。该网站现在包含由 Adrian Diaz 和 Fabio Zanini 贡献的介绍性 vignette,包括 英语西班牙语

迈向更明确的生命周期

我们正在努力使功能的生命周期更加明确,以便您可能知道哪个功能已弃用,以及哪个功能更具实验性。例如,我们将慢慢删除大多数 “带点名称的功能”,例如 add.edges() 现在是 add_edges(),尽管两个版本目前仍然有效。is_biconnected() 函数就是一个实验性函数的例子,也就是说,一个刚刚公开的 C 函数。

结论

如果您在新版本中遇到任何困难,我们将不胜感激。请在 issue tracker 中向我们发送一行(以及一个 reprex!)。如需进一步反馈,请使用 igraph 的 讨论论坛。不要犹豫分享有关发布的信息…在您的网络中。😉

鸣谢

非常感谢所有帮助我们制作新的 igraph 软件包的贡献者:@a-lambda@Antonov548@barracuda156@bebejhun@bockthom@brooksambrose@CdeMills@clpippel@csqsiew@dmurdoch@Flu09@Ganson2018@gherrarte@gwfs521@jefferis@jeroen@jessijessi@joshua-zh@kalibera@knwng@krlmlr@Lighter-k@louisaslett@lptolik@lufuhao@maelle@maksymiuks@Matyasch@mfansler@ngmaclaren@noriakis@reuning@ntamas@snowGlint@stephenashton-dhsc@szhorvat@tdhock@vtraag@xinguo1236@Zhaoju-Deng


python-igraph 0.11.5,0.11 系列的第五个错误修复版本,已经发布。此版本的主要原因是将 igraph 的 C 核心更新到 0.10.12,这为 Python 接口带来了一些错误修复。请参阅 更改日志 以获取更多详细信息。

安装 Python 接口的首选方式是通过 pip;键入 pip install igraph 应在大多数支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python Package Index 页面获得。

请继续阅读以获取有关 0.11.5 版本中更改的更多详细信息。

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C/igraph 0.10.12,0.10 系列的第十一个错误修复版本,已经发布。与往常一样,可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本带来了大量的质量增强,包括许多错误修复和性能改进。强烈建议所有 igraph 用户升级。

这将是 0.10 系列的最后一个版本之一,如果不是最后一个版本的话,igraph 1.0 计划在今年初夏发布。预发布版本将提供给社区反馈。

以下是 0.10.12 中的更改摘要。

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C/igraph 0.10.11,0.10 系列的第十个错误修复版本,已经发布。与往常一样,可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本带来了大量的质量增强,包括许多错误修复和性能改进。强烈建议所有 igraph 用户升级。

这将是 0.10 系列的最后一个版本之一,如果不是最后一个版本的话,igraph 1.0 计划在今年初夏发布。预发布版本将提供给社区反馈。

以下是 0.10.11 中的更改摘要。

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C/igraph 0.10.10,0.10 系列的第九个错误修复版本,已经发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

这主要是带有错误修复的维护版本,特别是 igraph_is_forest() 中的缓存问题。

请继续阅读以获取有关 0.10.10 版本中更改的更多详细信息。

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C/igraph 0.10.9,0.10 系列的第八个错误修复版本,已经发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

这主要是带有错误修复的维护版本,但它还添加了用于检查图形是否为双连通以及从双度序列构造二部图的函数。

请继续阅读以获取有关 0.10.9 版本中更改的更多详细信息。

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python-igraph 0.11.3,0.11 系列的第三个错误修复版本,已经发布。此版本的主要原因是将 igraph 的 C 核心更新到 0.10.8,这为 Python 接口带来了一些错误修复。此版本还修复了 Matplotlib 后端中弯曲无向边的错误。请参阅 更改日志 以获取更多详细信息。

安装 Python 接口的首选方式是通过 pip;键入 pip install igraph 应在大多数支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python Package Index 页面获得。

请继续阅读以获取有关 0.11.3 版本中更改的更多详细信息,包括通过将 C 核心更新到 0.10.8 而成为可能的内容。

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C/igraph 0.10.8,0.10 系列的第七个错误修复版本,已经发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

这主要是带有错误修复的维护版本,但它还添加了用于计算图形的联合度矩阵、联合度分布和度相关函数以及边端点处任意顶点类别的广义联合分布的函数。

请继续阅读以获取有关 0.10.8 版本中更改的更多详细信息。

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python-igraph 0.10.8,0.10 系列的第七个错误修复版本,已经发布。此版本将 igraph 的 C 核心更新到 0.10.7,并增加了对加权偏心率和半径计算的支持。还有一些小的添加和改进;请参阅 更改日志 以获取更多详细信息。

安装 Python 接口的首选方式是通过 pip;键入 pip install igraph 应在大多数支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python Package Index 页面获得。


C/igraph 0.10.7,0.10 系列的第六个错误修复版本,已经发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

这主要是带有错误修复的维护版本,但它还添加了 igraph_radius()igraph_graph_center() 的加权变体作为实验函数。它们的 API 将在 0.11.0 版本中最终确定(尽管我们预计与当前版本相比不会有任何更改)。

请继续阅读以获取有关 0.10.7 版本中更改的更多详细信息。

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C/igraph 0.10.6,0.10 系列的第五个错误修复版本,已经发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

这是一个仅带来错误修复的维护版本。特别是,我们修复了 igraph_community_voronoi() 在某些平台上的某些情况下的收敛失败问题,并确保了与 libxml2 2.11 的兼容性。

请继续阅读以获取有关 0.10.6 版本中更改的更多详细信息。

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C/igraph 0.10.5,0.10 系列的第四个错误修复版本,已经发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

这是一个维护版本,带来了错误修复、性能改进以及新的实验性功能。

请继续阅读以获取有关 0.10.5 版本中更改的更多详细信息。

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C/igraph 0.10.4,0.10 系列的第三个错误修复版本,已经发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本增加了对使用 A* 算法查找最短路径以及使用 DSatur 启发式方法查找贪婪顶点着色的支持。它还为 Bellman-Ford 和 Floyd-Warshall 最短路径查找器算法添加了中断支持。

请继续阅读以获取有关 0.10.4 版本中更改的更多详细信息。

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C/igraph 0.10.3,0.10 系列的第三个错误修复版本,已经发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本增加了对生成三角形和六边形网格、从“父”向量构造树以及检索顶点集的诱导子图中边的 ID 的支持。它还改进了 UMAP 布局函数的实验性 API,修复了一些错误并改进了文档。

请继续阅读以获取有关 0.10.3 版本中更改的更多详细信息。

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就在圣诞节假期之前,IGraph/M 0.6.5 现在发布了。此版本(以及未发布的 0.6.4)在计算邻近图时带来了极大的性能改进,新的便捷函数以及鲁棒性改进。与往常一样,您可以通过运行安装程序脚本方便地升级,使用以下命令

Get["https://raw.githubusercontent.com/szhorvat/IGraphM/master/IGInstaller.m"]

0.6.5

其他

  • 改进了错误检查并添加了更多内部一致性检查,以帮助调试最近 Mathematica 版本的问题。

0.6.4

已添加

  • IGBetaWeightedGabrielGraph 用于计算基于弦月的 β 骨架的每条边消失的 β 值(实验性函数)。
  • IGModularityMatrix 给出网络的模块化矩阵。
  • IGCanonicalLabeledGraph 创建一个标记图的规范表示,而不更改顶点名称。被 IGSameGraphQ 视为等效的图具有相同的规范表示。它旨在用于使用 DeleteDuplicatesBy 删除重复的图。
  • IGCanonicalEdgeList 创建边列表的规范表示,其方式类似于 IGCanonicalLabeledGraph

其他

  • 文档改进
  • 当使用大 β 值时,显着提高了计算基于弦月和圆的 β 骨架的性能。

python-igraph 0.10.2,0.10 系列的第二个错误修复版本,已经发布。此版本将 igraph 的 C 核心更新到 0.10.2,增加了对 Python 3.11 的支持,并修复了该库早期版本中的崩溃和引用泄漏。还有一些小的添加和改进;请参阅 更改日志 以获取更多详细信息。

安装 Python 接口的首选方式是通过 pip;键入 pip install igraph 应在大多数支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python Package Index 页面获得。

该项目的文档也已移至 Read The Docs


C/igraph 0.10.2,0.10 系列的第二个错误修复版本,已经发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本主要包括错误修复和文档改进,但它还添加了一些新函数(带有截止的最短路径、Floyd-Warshall 算法和 Voronoi 分区),以及一个实验性 API,该 API 在即将发布的版本中可能仍会更改。实验性函数在这里和文档中都有明确标记。这些函数的 API 将在 0.11.0 中最终确定,之后预计不会再有任何更改。

请继续阅读以获取有关 0.10.2 版本中更改的更多详细信息。

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IGraph/M 的新维护版本现已发布。这是一个错误修复版本,建议所有用户使用。与往常一样,升级的最简单方法是评估以下内容,然后重新启动 Mathematica

Get["https://raw.githubusercontent.com/szhorvat/IGraphM/master/IGInstaller.m"]

IGraph/M 0.6.3

已更改

  • 当将无效顶点传递给 IGraph/M 函数时,现在显示的消息是 IGraphM::invv 而不是 VertexIndex::inv

已修复

  • 在极少数情况下,在同一图中作为其他顶点名称的列表的顶点名称被错误地解释。这仅影响 Mathematica 12.0 及更高版本。
  • IGCommunitiesLeadingEigenvector 现在不太可能无法收敛。
  • IGCommunitiesLeadingEigenvector 现在尊重在 Mathematica 中设置的随机种子。这些仅影响它在内部使用的随机起始向量,这很可能导致非确定性输出。
  • IGBarabasiAlbertGame 不再接受负指数或零指数,因为这些指数未正确处理。
  • IGBridges 不再容易在给定非常大的图形时出现堆栈溢出。

其他

  • IGGraphEditor 的性能改进。
  • 文档改进。

python-igraph 0.10.1,0.10 系列的第一个错误修复版本,已经发布。(我们忘记单独宣布 0.10.0,抱歉)。这些版本将 igraph 的 C 核心更新到 0.10.0,并对该库的绘图功能进行了一些改进,包括改进的 Matplotlib 绘图后端和一个实验性 Plotly 后端。

安装 Python 接口的首选方式是通过 pip;键入 pip install igraph 应在大多数支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python Package Index 页面获得。

请参阅 Github 上的更改日志,了解 0.10.0 和 0.10.1 中的相关更改


C/igraph 0.10.0,0.10 系列的第一个版本,已经发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本侧重于基础设施改进、稳定性和使 igraph 接口更一致、更可预测和更易于使用。它包含许多 API 破坏性更改和函数重命名,为将来的 1.0 版本做准备,届时 API 将变得稳定。此方向的更改可能会持续到 0.11 版本。建议您尽快将代码从 0.9 迁移到 0.10,以使最终过渡到 1.0 更容易。

请继续阅读以获取有关 0.10.0 版本中更改的更多详细信息。

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C/igraph 0.9.10,0.9 系列的第十个错误修复版本,已经发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本包括错误修复和文档改进,并且可能是 0.9.x 系列的最后一个补丁版本。0.10.0 版本将在稍后发布,其中包含大量破坏性更改,因为我们清理了 API,为将来的 1.0 版本做准备。

如果您有一个当前依赖于 igraph 0.9 的项目,建议您更新该项目以使用 0.9.10,然后在 0.10.0 发布后尽快开始调整它以支持 0.10.0。

请继续阅读以获取有关 0.9.9 版本中更改的更多详细信息。

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igraph 0.10.0-rc.2,igraph 0.10.0 的第二个候选版本现在可供下载。我们决定发布候选版本,因为与以前的版本相比,igraph 0.10.0 中有很多破坏性更改,并且我们希望在继续之前从社区收集一些反馈。

由于此版本仅为候选版本,因此主要适用于正在开发依赖于 igraph 库的项目的开发人员,并且他们希望提前为 igraph 0.10.0 中即将发生的更改做好准备。igraph.org 主页上没有官方 tarball,因为最新的稳定版本仍然是 0.9.9 - 您需要从 Github 发布页面获取 tarball。这是一个 tarball 的直接链接 – 请注意,您需要下载名为 igraph-0.10.0-rc.2.tar.gz 的资产,因为标题为“源代码”的链接只是 Github 存储库的快照。

有关更多详细信息和破坏性更改的简要说明,请参阅我们在 Discourse 组中的公告。


igraph 0.10.0-rc.1,igraph 0.10.0 的第一个候选版本现在可供下载。我们决定发布候选版本,因为与以前的版本相比,igraph 0.10.0 中有很多破坏性更改,并且我们希望在继续之前从社区收集一些反馈。

由于此版本仅为候选版本,因此主要适用于正在开发依赖于 igraph 库的项目的开发人员,并且他们希望提前为 igraph 0.10.0 中即将发生的更改做好准备。igraph.org 主页上没有官方 tarball,因为最新的稳定版本仍然是 0.9.9 - 您需要从 Github 发布页面获取 tarball。这是一个 tarball 的直接链接 – 请注意,您需要下载名为 igraph-0.10.0-rc.1.tar.gz 的资产,因为标题为“源代码”的链接只是 Github 存储库的快照。

有关更多详细信息和破坏性更改的简要说明,请参阅我们在 Discourse 组中的公告。


IGraph/M 0.6.0,igraph 的 Mathematica 接口,现在发布了!此版本基于 C/igraph 的 0.9 系列,带来了显着的鲁棒性改进以及新功能。其中一些亮点是由 Kuba Podkalicki 贡献的实验性交互式图形编辑器,以及对进度报告的实验性支持。现在支持基于 ARM 架构(“Apple Silicon”)的 Apple 计算机。

与往常一样,您可以通过评估以下内容来更新到最新版本

Get["https://raw.githubusercontent.com/szhorvat/IGraphM/master/IGInstaller.m"]

现在支持的最早 Mathematica 版本是 11.0,或 Raspberry Pi 上的 12.2。

请在 GitHub我们的论坛上报告您可能发现的任何问题。

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R-igraph 1.3.2,1.3 系列的第二个错误修复版本现在已发布 – 看起来我们忘记发布关于 1.3.1 的公告,所以在本文的其余部分,我们总结了 1.3.1 和 1.3.2 版本中的更改。

与往常一样,我们尽力避免对 R 语言 igraph 用户造成重大更改,但如果出现意外错误,请在 Github 问题跟踪器中报告问题。

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python-igraph 0.9.11,0.9 系列的第九个错误修复版本已发布。

安装 Python 接口的首选方法是通过 pip;输入 pip install igraph 应在大多数受支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python 包索引页面获得。

这是第一个为运行 Alpine Linux 的环境提供预编译的 musllinux wheel 的版本。

有关 0.9.11 中的相关更改,请参阅 Github 上的变更日志


C/igraph 0.9.9,0.9 系列的第九个错误修复版本已发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本包括错误修复和文档改进,主要集中在社区检测和可视化功能。请继续阅读以了解更多详细信息。

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我们正在努力使 igraph 的 R 接口更接近 C 核心的最新发展:我们发布了 R-igraph 1.3.0,它将 R 接口中的 igraph C 核心更新到 0.9.7 版本,现在仅比主线 C 核心落后一个补丁版本。与之前的版本相比,此更新修复了许多错误并添加了许多新功能。

由于 igraph 的 C 核心在 0.8 系列和 0.9.7 之间的底层更改,在某些情况下,我们需要在 R 接口中付出额外的努力来保持与以前版本的兼容性。例如,igraph 0.9.7 现在从字面上解释了紧密度、介数和边介数中心性函数中的零截止值,而 igraph 0.8 将零解释为“无截止值”。R 接口在此类情况下保留旧的行为,但会打印弃用警告;旧的行为将在 igraph 1.4.0 或 2.0.0 中消失,以先到者为准。

R/igraph 的补丁版本将在未来几天内发布,希望(最终)赶上 C 核心的 0.9 分支。我们的目标是让 R/igraph 稳定几周,同时我们致力于 C 核心的进一步改进。

即使我们尽力避免对 R 语言 igraph 用户造成重大更改,我们也可能犯了无意的错误,因此请继续在 Github 问题跟踪器中报告问题。

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C/igraph 0.9.8,0.9 系列的第八个错误修复版本已发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本仅包括错误修复和文档改进。请继续阅读以了解更多详细信息。

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C/igraph 0.9.7,0.9 系列的第七个错误修复版本已发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本包括错误修复、构建系统调整和次要(性能和非性能相关)改进。请继续阅读以了解更多详细信息。

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python-igraph 0.9.9,0.9 系列的第七个错误修复版本已发布。

安装 Python 接口的首选方法是通过 pip;输入 pip install igraph 应在大多数受支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python 包索引页面获得。

此版本现在正式支持 ARM64 (Apple Silicon) wheel。

有关 0.9.9 中的相关更改,请参阅 Github 上的变更日志


C/igraph 0.9.6,0.9 系列的第六个错误修复版本已发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本包括错误修复、构建系统调整和次要(性能和非性能相关)改进。请继续阅读以了解更多详细信息。

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C/igraph 0.9.5,0.9 系列的第五个错误修复版本已发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本仅包括错误修复和性能改进。

已修复

  • igraph_reindex_membership() 不再允许使用负成员索引。

  • igraph_rewire_directed_edges() 现在在忽略边方向时生成多重图,使其与有向图的情况保持一致。

  • 修复了 igraph_gomory_hu_tree() 中的一个错误,该错误仅返回等效流树而不是割树。

  • 修复了 igraph_to_undirected()IGRAPH_TO_UNDIRECTED_COLLAPSE 模式中的一个错误,该错误为属性处理程序提供了不正确的合并向量,导致在使用属性组合合并边属性时出现问题。

  • 修复了 IGRAPH_ENABLE_LTO 选项设置为 AUTO 时的行为;早期版本存在一个错误,其中 AUTO 只是检查是否支持 LTO,但即使支持也不使用 LTO。

  • 当从 CMake 项目中使用 igraph 时,现在会检查项目是否启用了 C++ 语言。这对于使用 CMake 链接到 igraph 是必要的。

其他

  • 改进了 Reingold-Tilford 布局中用于断开连接的图的根选择方法 (#1836)。如果图不是树,新的根选择方法会提供更好的结果,尽管仍然建议使用 Sugiyama 布局,除非输入图几乎是一棵树,在这种情况下,Reingold-Tilfold 仍然可能是首选。

  • 对于包含许多孤立节点或小组件的大型图,igraph_decompose() 现在快得多。

  • igraph_largest_cliques()igraph_clique_number() 已被重写为使用 igraph_maximal_cliques_callback(),因此它们现在快得多。

  • 供应商提供的 GLPK 已升级到 GLPK 5.0。

  • 文档改进。


python-igraph 0.9.8,0.9 系列的第六个错误修复版本已发布。

此版本中唯一重要的更改是 igraph 的 Python 接口已在 PyPI 上从 python-igraph 重命名为 igraph。我们非常感谢 Patrick Fuller,PyPI 上 igraph 包的前所有者,放弃 igraph 的所有权并允许我们使用该名称。

安装 Python 接口的首选方法仍然是通过 pip;输入 pip install igraph 应在大多数受支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python 包索引页面获得。

python-igraph 将在 PyPI 上继续工作到 2022 年 9 月 1 日,但它现在只是一个依赖于 igraph 的存根包。运行 pip install python-igraph 反过来会从 PyPI 安装匹配版本的 igraph 包。

  • 在其依赖项中列出 python-igraph 的项目应尽快迁移到使用 igraph,以便在 2022 年 9 月 1 日之后继续接收更新。

  • 在 Linux 发行版中提供 python-igraph 预打包版本的维护者应切换为在 PyPI 上关注 igraph 包,而不是 python-igraph


python-igraph 0.9.7,0.9 系列的第五个错误修复版本已发布。

安装 Python 接口的首选方法是通过 pip;输入 pip install python-igraph 应在大多数受支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python 包索引页面获得。

有关 0.9.7 中的相关更改,请参阅 Github 上的变更日志

此版本还增加了对 Python 3.10 的支持,并为 ARM64 和 Apple Silicon CPU 提供了实验性本机 Python wheel。请注意,Apple Silicon wheel 尚未在 CI 环境中进行测试;当 Github Actions 开始支持 Apple Silicon 时,这种情况有望在不久的将来发生改变。在那之前,请随时在 Github 上的问题跟踪器中报告您发现的任何与 Apple Silicon wheel(或任何其他 wheel)相关的问题。


为了使 igraph 的 R 接口更接近 C 核心的最新发展,我们发布了 R-igraph 1.2.7,这是 1.2 系列的第七个错误修复版本。此版本将 R 接口中的 igraph C 核心更新到 0.8.5 版本,虽然仍然落后于主线 C 核心的几个版本,但与之前的版本相比,它修复了一系列错误并引入了一些新函数。

此版本只是一个开始;在接下来的几个月中,我们的目标是处理 Github 问题跟踪器上的大多数问题,关闭那些不再相关的问题,修复那些应该修复的问题,然后继续将 R 接口更新到 C 核心的 0.9.4 版本,这是撰写本文时最新的 C 核心版本。

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本网站上 igraph 的在线文档现在包括 C 核心以及 R 和 Python 接口的 API 文档和教程的多个版本。

要更改版本,请单击相关页面左上角的新按钮


igraph 项目很自豪地宣布,Chan Zuckerberg Initiative 将继续在其关于 科学基本开源软件的计划中资助该项目。该项目将在未来两年内获得两笔 40 万美元的赠款。一项赠款将有助于进一步开发和维护 igraph 项目。另一项赠款将有助于使该项目的贡献者和维护者队伍多样化,该项目与 网络科学女性共同协调,并将由 Brooke Foucault Welles 领导。

去年,igraph 的核心库得到了极大的改进,使该库更容易构建、维护和使用。但是,大多数用户不是直接使用 C 核心,而是通过其中一个接口使用它:Python、R 或 Mathematica。CZI 赠款将支持 igraph 开发团队改进这些接口,使其更直观易用,并通过更紧密地将其集成到宿主语言中。此外,开发工作将旨在使库和接口更易于维护,重点是长期可持续性。这确保了 igraph 继续成为全球各个学科的网络科学家有用的工具。

让人们致力于维护和进一步开发 igraph 对于确保其长期可行性至关重要。我们通过开设一个专门用于 igraph 的 论坛,朝着建立一个更具包容性和参与性的社区迈出了步伐。我们的目标是扩大该项目的贡献者和维护者团队并使其多样化。使 igraph 的使用入门和对 igraph 的贡献更容易是重要的一步。改进文档和教程有助于实现这一目标,但我们还将积极组织用户和贡献者的研讨会,特别关注女性和非二元性别者,并在社区论坛上更积极地参与。此外,将专门建立一个指导计划,以促进女性和非二元性别者使用 igraph 并为其做出贡献,为他们成为 igraph 的维护者铺平道路。CZI 赠款将使我们能够让更多人参与实现这些目标。


python-igraph 0.9.6,0.9 系列的第四个错误修复版本已发布。

安装 Python 接口的首选方法是通过 pip;输入 pip install python-igraph 应在大多数受支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python 包索引页面获得。

此版本提供了一个修复程序,用于修复 0.9.5 中意外引入的 Matplotlib 后端的一个绘图问题。有关更多详细信息,请参阅 Github 上的变更日志

此版本还为 Apple Silicon CPU 提供了实验性本机 Python wheel。请注意,Apple Silicon wheel 尚未在 CI 环境中进行测试;当 Github Actions 开始支持 Apple Silicon 时,这种情况有望在不久的将来发生改变。在那之前,请随时在 Github 上的问题跟踪器中报告您发现的任何与 Apple Silicon wheel(或任何其他 wheel)相关的问题。


python-igraph 0.9.5,0.9 系列的第三个错误修复版本已发布。

安装 Python 接口的首选方法是通过 pip;输入 pip install python-igraph 应在大多数受支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python 包索引页面获得。

有关 0.9.5 中的相关更改,请参阅 Github 上的变更日志

此版本还为 Apple Silicon CPU 提供了实验性本机 Python wheel。请注意,Apple Silicon wheel 尚未在 CI 环境中进行测试;当 Github Actions 开始支持 Apple Silicon 时,这种情况有望在不久的将来发生改变。在那之前,请随时在 Github 上的问题跟踪器中报告您发现的任何与 Apple Silicon wheel(或任何其他 wheel)相关的问题。


python-igraph 0.9.4,0.9 系列的第二个错误修复版本已发布。(是的,我们跳过了 0.9.2 和 0.9.3)。

安装 Python 接口的首选方法是通过 pip;输入 pip install python-igraph 应在大多数受支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python 包索引页面获得。

此版本使 python-igraph 与 igraph 0.9.4 同步。有关 0.9.4 中的相关更改,请参阅 Github 上的变更日志

此版本也是第一个为 Apple Silicon CPU 提供实验性本机 Python wheel 的版本。请注意,Apple Silicon wheel 尚未在 CI 环境中进行测试;当 Github Actions 开始支持 Apple Silicon 时,这种情况有望在不久的将来发生改变。在那之前,请随时在 Github 上的问题跟踪器中报告您发现的任何与 Apple Silicon wheel(或任何其他 wheel)相关的问题。


C/igraph 0.9.4,0.9 系列的第四个错误修复版本已发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本仅包括错误修复。

已更改

  • 未加权传递性(即聚类系数)计算现在忽略多重边和边方向,而不是拒绝多重图和有向图。
  • 如果输入图有多条边(该实现尚未正确处理),igraph_transitivity_barrat() 现在将返回错误代码。

已修复

  • igraph_local_scan_k_ecount() 现在可以正确处理循环。
  • igraph_transitivity_avglocal_undirected() 不再比 igraph_transitivity_local_undirected() 慢。
  • 解决了使用 OpenMP 编译时 Clang 9.0 发出的无效警告。

其他

  • 文档改进。

C/igraph 0.9.3,0.9 系列的第三个错误修复版本已发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本仅包括错误修复。

已添加

  • 当编译器支持时,某些函数(特别是 PageRank 计算)现在已启用并使用 OpenMP。在配置时设置 IGRAPH_OPENMP_SUPPORT=OFF 以禁用此功能。

已修复

  • 当给定非二分图时,igraph_get_incidence() 不再读取和写入超出范围,而是给出警告并忽略部分内的边。
  • igraph_dyad_census() 不再报告单例图上的溢出,并正确处理循环和多重图。无向图的处理方式一致,并且不再给出警告。
  • igraph_vector_lex_cmp()igraph_vector_colex_cmp() 仅引用了它们参数一次而不是两次,因此无法与 igraph_vector_ptr_sort() 一起使用。
  • igraph_maximal_cliques_subset()igraph_transitivity_barrat() 在某些情况下会破坏错误处理堆栈(“finally 堆栈”)。
  • CMake 包文件不遵循 CMAKE_INSTALL_LIBDIR。这仅影响安装到 lib64 或其他位置而不是 lib 的 Linux 发行版。
  • 当 igraph 位于路径中包含空格的位置时,无法生成解析器源。
  • igraph 在不必要时不再链接到数学库 (libm)。
  • 现在在编译期间定义了 _CRT_SECURE_NO_WARNINGS 以启用与 UWP 的兼容性。
  • 修复了启用链接时优化并使用 MSYS Makefiles CMake 生成器时在 MSYS / MinGW 上的编译问题。igraph 中的某些源文件已因此被重命名,但这不应影响库的用户。

已弃用

  • igraph_rng_min() 现在已弃用;如果您在自己的代码中使用了此函数,请假定其返回值为常数零。

其他

  • 已将供应商提供的 CXSparse 库更新到 3.2.0 版本

C/igraph 0.9.2,0.9 系列的第二个错误修复版本已发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本仅包括错误修复。我们还添加了对 CMake 包文件的支持,从而更容易在基于 CMake 的项目中使用 igraph。

已添加

  • CMake 包文件现在已随 igraph 一起安装。这允许 find_package(igraph) 查找 igraph 并检测链接到它的项目的适当编译选项。

已修复

  • 现在可以在其他基于 CMake 的项目中将 igraph 用作 CMake 子项目。
  • 现在可以从发布 tarball 构建文档。
  • 当发布 tarball 被提取到不相关的 git 存储库的子目录中时,配置将不再失败。
  • CMAKE_INSTALL_<dir> 变量是绝对路径时,生成的 pkg-config 文件不正确。
  • 在类 Unix 系统上,库名称现在是 libigraph.so.0.0.0,就像 igraph 0.8 和更早版本一样。
  • 修复了解析器源中的返回类型不匹配,并修复了使用最新版本 gcc 时的一些警告。
  • 修复了 igraph_get_shortest_paths_dijkstra()igraph_get_shortest_paths_bellman_ford() 中的一个错误,该错误为无法访问的顶点返回了不正确的结果。

其他

  • 改进了安装说明和教程。

python-igraph 0.9.1,0.9 系列的第一个错误修复版本已发布。

安装 Python 接口的首选方法是通过 pip;输入 pip install python-igraph 应在大多数受支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python 包索引页面获得。

此版本使 python-igraph 与 igraph 0.9.1 同步。有关 0.9.0 和 0.9.1 中的相关更改,请参阅 Github 上的变更日志


C/igraph 0.9.1,0.9 系列的第一个错误修复版本已发布。

可以从 GitHub 发布页面获取源代码。

此版本仅包括错误修复,除了一个关于向量的字典排序的次要补充,对于次要版本升级而言,这还不够重要。变更日志如下。

已添加

  • igraph_vector_lex_cmp()igraph_vector_colex_cmp() 用于向量的字典排序和共词典排序比较。这些函数也可用于排序。

已更改

  • igraph_community_multilevel() 现在是随机的(感谢 Daniel Noom)。

已修复

  • 控制库安装目录名称的 CMake 设置(例如 CMAKE_INSTALL_LIBDIR)未得到遵守。
  • 在某些情况下,生成的 pkg-config 文件包含不正确的包含目录路径。
  • 以下函数未从共享库中导出:igraph_subcomponent()igraph_stack_ptr_free_all()igraph_stack_ptr_destroy_all()igraph_status_handler_stderr()igraph_progress_handler_stderr()
  • 内置随机数生成器(igraph_rngtype_mt19937igraph_rngtype_randigraph_rngtype_glibc2)未从共享库中导出。
  • igraph_layout_graphopt() 不再将 spring_length 参数舍入为整数。
  • igraph_get_all_shortest_paths_dijkstra() 不再修改 res 向量的项目析构函数。
  • 计算到所有顶点的路径时,igraph_get_shortest_path_bellman_ford() 无法正常工作。
  • igraph_arpack_rnsolve() 会更仔细地检查其参数。
  • 当请求 csize 但不是 membership 时,igraph_community_to_membership() 不再崩溃。
  • igraph_citing_cited_type_game():修复了内存泄漏(感谢 Daniel Noom.
  • 与空图一起使用时,igraph_transitivity_undirected()igraph_transitivity_avglocal_undirected()igraph_transitivity_barrat() 不再触发断言失败。
  • 当使用 IGRAPH_PAGERANK_ALGO_PRPACK 时,igraph_(personalized_)pagerank() 会为顶点少于 128 个的加权多重图返回不正确的结果。
  • igraph_diversity() 现在会更仔细地检查其输入,并且当输入图有多条边或是有向图时会抛出错误。
  • to 参数与 from 不同时,igraph_shortest_paths_johnson() 将返回不正确的结果(感谢 Daniel Noom)。
  • 在无向简单图的情况下,对于某些特殊度序列,igraph_is_graphical() 无法设置结果变量。
  • 当找到超过 2147483647(即 2^31 - 1)个集团时,非最大集团查找函数有时会返回不完整的结果。
  • GLPK 内部错误不再导致 igraph 崩溃。
  • 修复了一些潜在的内存泄漏,这些泄漏可能发生在错误情况下或某些函数中断时。
  • 在 Windows 上测试 DLL 构建时,PATH 有时未正确设置,导致测试失败。
  • 当从 git 存储库(而不是从发布 tarball)编译时,使用最新版本的 bisonflex 会导致构建失败。

其他

  • 文档改进。
  • 文档构建速度更快。
  • 允许在交叉编译时使用预生成的 arith.h 标头用于 f2c;请参阅文档的安装部分。
  • IGRAPH_ENABLE_LTO 构建选项现在支持 AUTO 值,该值仅在编译器支持 LTO 时才使用 LTO。警告:CMake 可能并不总是能够检测到 LTO 未完全支持。因此,默认设置为 OFF
  • 以下函数现在是可中断的:igraph_grg_game()igraph_sbm_game()igraph_barabasi_game()igraph_barabasi_aging_game()
  • 使用 GLPK 的函数,例如 igraph_feedback_arc_set()igraph_community_optimal_modularity() 现在可以中断了。
  • 添加了对不识别 -Wno-varargs 标志的旧版 Clang 的支持。

致谢

  • 非常感谢 Daniel Noom 继续扩展测试套件,并在过程中发现并修复了几个错误!

igraph C 核心的 0.9.0 版本已发布,几乎正好是在最新的小版本 0.8.0 发布一年后。此版本带来了几个新功能和改进,并且还完全从旧的基于 autotools 的构建系统切换到基于 CMake 的新系统。这可以缩短构建时间,并有机会使用替代构建工具而不是 make;特别是,igraph 现在支持 ninja,并且还可以利用本地安装的 ccache 编译器缓存以实现更快的构建。

我们衷心感谢 CZI 对 igraph 开发的支持。此外,我们还要感谢所有报告问题、贡献功能或修复程序或编辑文档的人员。igraph 是一个由志愿者运营的开源项目。*一如既往,非常欢迎您的贡献!*

大多数人通过其适用于 RPythonMathematica 的高级接口使用 igraph。基于 0.9.0 的 Python 接口的新版本预计将在几天后发布。R 和 Mathematica 接口已经包含一些改进,并将继续集成更多改进。

源代码和变更日志可以从 GitHub 发布页面获取。


C/igraph 0.8.5,0.8 系列的第五个错误修复版本已发布。

源代码可以从 GitHub 发布页面获取。

此版本仅包含错误修复。变更日志如下。

已更改

  • igraph_write_graph_pajek():该函数现在始终使用平台原生的行尾符(Windows 上的 CRLF,Unix 和 macOS 上的 LF)。早期版本尝试强制使用 Windows 行尾符,但这很容易出错,并且由于所有最新版本的 Pajek 都支持两种行尾符,因此不再需要强制使用 Windows 行尾符。

已修复

  • 修复了 MINGW32/64 的几个编译问题,感谢 @jannick0
  • igraph_layout_davidson_harel() 不可中断;现在可以中断了。
  • igraph_i_cattribute_combine_vertices() 中添加了缺失的内存清理调用。
  • 修复了测试用例中的一些内存泄漏。

C/igraph 0.8.4,0.8 系列的第四个错误修复版本已发布。

源代码可以从 GitHub 发布页面获取。

此版本包括错误修复和文档改进。变更日志如下。

已修复

  • igraph_i_cattribute_combine_vertices():修复了无效的清理代码,该代码最终会在大量合并具有属性的顶点时填满“finally”堆栈。
  • igraph_hrg_sample():修复了不正确的函数原型
  • igraph_is_posinf()igraph_is_neginf():修复了在 isinf() 的结果符号不指示输入符号的平台上的不正确结果。
  • 修复了与供应商提供的 LAPACK 和外部 BLAS 的构建
  • 修复了在 macOS 上使用 XCode 12.2 的构建

其他

  • 文档改进
  • 常规代码清理以减少编译器警告的数量

python-igraph 0.8.3,0.8 系列的第三个错误修复版本已发布。

安装 Python 接口的首选方式是通过 pip;在大多数受支持的平台(Windows、Linux 和 macOS)上键入 pip install python-igraph 应安装预编译的 Python wheel。预编译的 wheel 和源代码也可以从 Python 包索引页面获得。

此版本使 python-igraph 与 igraph 0.8.3 保持同步,并且它还包含错误修复和性能改进。此版本也将是最后一个有意与 C 核心的版本号同步的版本号。变更日志如下。

已添加

  • Graph.community_leiden() 现在支持负迭代次数;它将继续迭代,直到算法达到稳定的分区。

  • Graph.Incidence() 现在支持加权图,感谢 @PuneethaPai

  • 现在可以使用带有 Graph.DataFramepandas 数据帧创建一个 Graph 对象,感谢 @iosonofabio

  • 添加了使用 Graph.{to,from}_{networkx,graph_tool}networkxgraph-tool 的相互转换,感谢 @iosonofabio

  • Graph.add_edges()Graph.add_vertices() 现在支持为新添加的顶点和边指定属性,感谢 @iosonofabio

  • 添加了 Graph.dfs()Graph.dfsiter(),感谢 @iosonofabio

  • 添加了 Graph.bridges() 以获取图的桥。

  • 添加了 Graph.clear() 以在单个调用中删除所有边、顶点和图属性,感谢 @iosonofabio

已更改

  • 将 igraph C 库升级到 0.8.3。

  • 图的并集和交集现在支持带有顶点名称的图,感谢 @iosonofabio

  • Graph.delete_vertices(None)Graph.delete_edges(None) 现在已弃用;请改用 Graph.delete_vertices()Graph.delete_edges()(没有位置参数)删除所有顶点或边。旧语法将在 0.9 中删除。

已修复

  • setup.py 现在可以在 Windows 上与 MinGW 一起使用,感谢 @Parakoopa

  • Graph.difference() 现在可以正确处理环边

  • summary() 不再因非字符串顶点名称而失败,感谢 @deeenes

  • Reingold-Tilford 布局不应再在树图上产生边交叉。

  • Graph.biconnected_components() 的后处理步骤现在快得多 (#281);早期版本是 C 核心和 Python 接口之间显着速度差异的原因。

其他


C/igraph 0.8.3,0.8 系列的第三个错误修复版本已发布。

源代码可以从 GitHub 发布页面获取。

此版本包括错误修复和性能改进。变更日志如下。

已添加

  • igraph_vector_binsearch_slice() 在向量的排序切片上执行二分查找。

已更改

  • igraph_eigenvector_centrality() 假定无向图的邻接矩阵对于每个顶点在对角线上都有两倍的自环数。这使得无向图及其有向等效图的结果一致,当每条边都被相互边对替换时。

已修复

  • igraph_isomorphic() 现在验证输入图是否没有多重边。
  • igraph_difference() 正在创建多余的自环。
  • igraph_count_multiple() 对于有向图中的自环给出了不正确的结果。
  • igraph_betweenness_estimate():修复了有限截止的不正确结果。
  • igraph_eigen_matrix_symmetric():修复了不正确的矩阵乘法。
  • 更正了错误条件下可能出现的几个问题。
  • igraph_realize_degree_sequence() 未正确检测到一些非图形输入。
  • igraph_is_graphical_degree_sequence():修复了无向情况下的不正确结果。
  • igraph_community_leiden():修复了存在自环时的不正确结果。
  • igraph_eigenvector_centrality():修复了加权图中孤立顶点的不正确值。
  • igraph_eigenvector_centrality():更正了自环的处理。
  • igraph_layout_reingold_tilford():修复了树的分支有时会重叠的问题。

其他

  • igraph_degree_sequence_game():使用 IGRAPH_DEGSEQ_SIMPLE_NO_MULTIPLE_UNIFORM 方法提高了性能。
  • 提高了测试套件的鲁棒性。
  • 文档改进。
  • 改进了错误和警告消息。
  • 改进了与最新版本的 Microsoft Visual C 的兼容性。

我们很高兴地宣布,igraph 项目将获得来自 Chan Zuckerberg Initiative 的 180,000 美元的资助,该资助来自资助 Essential Open Source Software for Science 计划。igraph 被认为在为各种科学领域(包括生物医学研究)提供网络分析方面发挥着关键作用。该资金将加速正在进行的开发工作,并应促成 igraph C 核心的 1.0 版本发布,该版本具有稳定、文档完善且受支持的 API。

多年来,igraph 的开发都是在自愿的基础上完成的。有了可用资金,我们可以确保开发人员有更多时间专门用于 igraph。特别是,该资金将支持 Gábor CsárdiTamás NepuszSzabolcs HorvátVincent TraagFabio Zanini

igraph 的核心是用 C 编写的,但大多数人通过其用于 R、Python 或 Mathematica 的高级接口使用 igraph。大部分开发工作将集中在 igraph 的核心上,但不会忽视高级接口。

即使我们将投入更多时间用于 igraph,但如果没有充满活力的用户和贡献者社区,该项目也无法生存。无论您是报告问题、贡献代码还是改进文档,您的贡献对于该项目仍然至关重要。我们希望我们的新 社区论坛 将使我们能够形成一个更紧密和更支持的社区,您可以在其中提问、支持他人或讨论网络分析或图论的最新进展。

该项目将从 9 月 1 日开始,持续一年。1.0 版本计划在该项目结束时发布。


C/igraph 0.8.2,0.8 系列的第二个错误修复版本已发布。

源代码可以从 GitHub 发布页面获取。

此版本不包含新功能,仅包含错误修复和可靠性改进。变更日志如下。

已更改

  • 改进的参数检查:igraph_all_st_mincuts()igraph_sir()
  • 改进的可中断性:igraph_sir()

已修复

  • igraph_community_leiden():修复了中断时的崩溃
  • 测试现在更加健壮。修复了一些在 i386 架构上运行时或使用不同版本的外部依赖项时发生的错误测试失败。

其他

  • 改进了来自 igraph_sir() 的错误消息。
  • 改进了与最新版本的 Microsoft Visual C 的兼容性。

我们很高兴地宣布 igraph C 核心 0.8 系列的第一个错误修复版本!

源代码可以从 GitHub 发布页面获取。

此版本不包含新功能,仅包含错误修复和可靠性改进。变更日志如下。

已更改

  • 改进的可中断性:igraph_degree_sequence_game()
  • 改进的参数检查:igraph_forest_fire_game()
  • 将 plfit 库更新到版本 0.8.1

已修复

  • igraph_community_edge_betweenness():修复了没有边的图(PR #1312)
  • igraph_bridges() 现在可以正确处理多重图(PR #1335)
  • igraph_avg_nearest_neighbor_degree():修复了加权情况下的内存泄漏(PR #1339)
  • igraph_community_leiden():修复了崩溃错误(PR #1357)

其他

  • 包含 ACKOWLEDGEMENTS.md
  • 文档改进

igraph Python 接口的 0.8.0 版本紧随最近发布的 C 核心 0.8.0 版本,其中包含过去五年中积累的许多错误修复以及改进的构建过程,该过程不需要在安装 python-igraph 时下载 igraph 的 C 核心;python-igraph 的 tarball 已经捆绑了 C 核心的相应版本。

将 C 核心直接包含在源 tarball 中还允许我们在未来将 python-igraph 的版本号与 C 核心的版本号分离。这意味着我们不必再等待 C 核心的发布来修复 Python 接口中的某些错误。

预编译的 Python wheel

从此版本开始,我们还将致力于为大多数平台提供预编译的 Python wheel。当前版本包括适用于 Windows、macOS 和 Linux 上 Python 2.7、3.5、3.6、3.7 和 3.8 的 Python wheel,因此大多数用户在通过 pip 安装 python-igraph 时无需编译任何内容。目前唯一的限制是 Windows wheel 不支持 GraphML 导入;这将在下一个补丁版本 (0.8.1) 中修复。

结束对 Python 2.7 的支持

python-igraph 0.8.x 也将是最后一个支持 Python 2.7 的版本。由于 Python 2 已经 达到其生命周期结束,我们将在 python-igraph 0.9 之前停止支持 Python 2,以便我们可以简化代码库的某些部分,我们在其中需要引入额外的代码以支持两个 Python 版本。

至于 Python 3,我们承诺至少支持 Python 3 的最后三个小版本。

尽管我们没有正式支持 PyPy,但 python-igraph 也将在 CI 环境中定期使用 PyPy 进行测试,我们将努力修复 PyPy 出现的任何问题。如果您使用 PyPy 的 python-igraph 并且您愿意成为负责 PyPy 兼容性的官方维护者,请在 社区论坛 中告知我们。

新的社区论坛

在发布 igraph 0.8 的同时,我们推出了 一个新的社区论坛,该论坛取代了邮件列表作为主要的支持渠道。社区论坛也适用于 python-igraph 的用户,因此如果您是当前的 python-igraph 用户或者只是对该项目感兴趣,请加入!

我们要感谢所有报告问题、贡献功能或修复程序或编辑文档的人员。igraph 是一个由志愿者运营的开源项目。*一如既往,非常欢迎您的贡献!*


igraph C 核心的 0.8.0 版本,在 0.7.1 发布近五年后发布,是一个重大改进,具有几个新功能、性能和鲁棒性改进以及许多错误修复。新功能包括其他图生成器、用于处理树的函数、新的社区检测方法、改进的团伙查找、谱图嵌入以及其他几个功能。有关更多详细信息,请参见 变更日志

我们要感谢所有报告问题、贡献功能或修复程序或编辑文档的人员。igraph 是一个由志愿者运营的开源项目。*一如既往,非常欢迎您的贡献!*

大多数人通过其适用于 RPythonMathematica 的高级接口使用 igraph。Python 接口的新版本预计将在几周后发布,其中包含所有这些改进。R 和 Mathematica 接口已经包含一些改进,并将继续集成更多改进。

在发布 igraph 0.8 的同时,我们正在启动 一个新的社区论坛,该论坛将取代邮件列表作为主要的支持渠道。如果您是当前的 igraph 用户或者只是对该项目感兴趣,请加入!


IGraph/M,一个 Mathematica igraph 接口,现在正式成为 igraph 支持的更高级别的接口之一。我们要感谢 Szabolcs Horvát 为支持来自 Mathematica 的 igraph 所做的所有努力!

IGraph/M 的新版本将在该项目的 GitHub 页面上发布。


发行说明

这是一个新的主要版本,其中包含许多 UI 更改。我们尝试使其更易于使用,具有简短易记且一致的函数名称。不幸的是,这也意味着许多函数现在都有新名称,但请不要担心,所有旧名称仍然有效。

除了新名称之外,此版本中最大的变化是大多数过去返回数字顶点或边 ID 的函数现在返回顶点/边序列。这需要一些时间来适应,如果您想要数字 ID,只需在顶点/边序列上使用 as.vector() 函数即可。

一旦该软件包在 CRAN 上并且可用于所有架构,我们将更新此站点上的文档。

更多 →


几天前,我们更改了使用 GitHub 进行 igraph 开发的方式。我们的目标是使 igraph 开发更易于访问,并简化我们的构建过程。我们现在为 igraph C 库、R 包和 Python 扩展使用单独的存储库,而不是为所有内容使用公共存储库。igraph.org 网站已经在单独的存储库中,我们还将分解 R 包,将松散耦合的部分放入它们自己的包和存储库中。

主要 igraph 存储库现在

  • igraph C 库:https://github.com/igraph/igraph
  • igraph R 包:https://github.com/igraph/rigraph
  • python-igraph:https://github.com/igraph/python-igraph
  • igraphdata R 包:https://github.com/igraph/igraphdata
  • igraph.org 主页:https://github.com/igraph/igraph.org

发行说明

一些错误修复,以确保“使用 R 进行网络数据的统计分析”中包含的代码有效。请参见 https://github.com/kolaczyk/sand

详细更改

  • 图绘制:修复弯曲边的标签,问题 #181。
  • 图绘制:允许将边标签固定在给定位置,问题 #181。
  • 在二分投影后删除“type”顶点属性,这些投影不再是二分的,问题 #255。
  • 在标头中正确打印逻辑属性(即由 l 编码,而不是由用于复杂属性的 x 编码。问题 #578。
  • communities 对象添加构造函数,请参见 create.communities()。问题 #547。
  • GraphML 解析器中更好的错误处理。
  • GraphML 读取器现在更加宽松;可以读取从 yWorks 应用程序保存的 GraphML 文件。
  • 修复了 constaint() 中的错误,问题 #580。
  • 二分投影现在检测无效边,而不是给出神秘的错误,问题 #543。
  • 修复了 graph.formula()simplify 参数中的错误,该参数已损坏,问题 #586。
  • 函数 crossing() 为结果添加了更好的名称,修复了问题 #587。
  • 如果输入图不简单,则 sir() 函数会给出错误,修复了问题 #582。
  • 现在不允许从 igraph 回调中调用 igraph 函数,修复了问题 #571。

发行说明

一些错误修复,以确保“使用 R 进行网络数据的统计分析”中包含的代码有效。请参见 http://github.com/kolaczyk/sand

详细更改

  • GraphML 解析器中更好的错误处理。
  • GraphML 读取器现在更加宽松;可以读取从 yWorks 应用程序保存的 GraphML 文件。
  • 修复了 igraph_constaint() 中的错误,问题 #580。
  • 二分投影现在检测无效边,而不是给出神秘的错误,问题 #543。
  • 二分投影现在检测无效边,而不是给出神秘的错误,问题 #543。

发行说明

库本身有很多新功能,以及项目生命中的其他重要更改。感谢大家的发送代码和报告错误!

github 上的 igraph

igraph 的开发已从 Launchpad 转移到 github。实际上,这几个月前已经发生,但从未正式宣布。报告错误的地方是 https://github.com/igraph/igraph/issues。

新主页

igraph 的主页现在托管在 https://igraph.cn,它是全新的。我们希望使其更易于使用和现代。

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发行说明

库本身有很多新功能,以及项目生命中的其他重要更改。感谢大家的发送代码和报告错误!

github 上的 igraph

igraph 的开发已从 Launchpad 转移到 github。实际上,这几个月前已经发生,但从未正式宣布。报告错误的地方是 https://github.com/igraph/igraph/issues。

新主页

igraph 的主页现在托管在 https://igraph.cn,它是全新的。我们希望使其更易于使用和现代。

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发行说明

库本身有很多新功能,以及项目生命中的其他重要更改。感谢大家的发送代码和报告错误!

github 上的 igraph

igraph 的开发已从 Launchpad 转移到 github。实际上,这几个月前已经发生,但从未正式宣布。报告错误的地方是 https://github.com/igraph/igraph/issues。

新主页

igraph 库的主页现在托管在 https://igraph.cn/c,它是全新的。我们希望使其更易于使用且更美观。

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版本号不是错误,我们从 0.6 跳到 0.6.5,由于技术原因。

发行说明

igraph 0.6.5 是一个小版本,仅包含几个大的更改,并修复了一些非常烦人的错误。

请参阅最后以获取完整的更改列表。首先,让我们看看最重要的的新功能和更改。

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版本号不是错误,我们从 0.6 跳到 0.6.5,由于技术原因。

发行说明

igraph 0.6.5 是一个小版本,仅包含几个大的更改,并修复了一些非常烦人的错误。

请参阅最后以获取完整的更改列表。首先,让我们看看最重要的的新功能和更改。

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版本号不是错误,我们从 0.6 跳到 0.6.5,由于技术原因。

发行说明

igraph 0.6.5 是一个小版本,仅包含几个大的更改,并修复了一些非常烦人的错误。

请参阅最后以获取完整的更改列表。首先,让我们看看最重要的的新功能和更改。

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发行说明

igraph 0.6 是 igraph 的一个新的主要版本。它包含许多新功能和重大更改、许多错误修复和改进。与往常一样,我们感谢发送评论、错误报告、问题的人们,特别是感谢贡献代码的人们。

请参阅下面的主要更改列表,其中包含指向文档相关部分的链接。R 中的所有新功能都列在此处。

请参阅最后以获取(更)完整的更改列表。

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发行说明

igraph 0.6 是 igraph 的一个新的主要版本。它包含许多新功能和重大更改、许多错误修复和改进。与往常一样,我们感谢发送评论、错误报告、问题的人们,特别是感谢贡献代码的人们。

请参阅下面的主要更改列表,其中包含指向文档相关部分的链接。所有新功能都列在此处。

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发行说明

igraph 0.6 是 igraph 的一个新的主要版本。它包含许多新功能和重大更改、许多错误修复和改进。与往常一样,我们感谢发送评论、错误报告、问题的人们,特别是感谢贡献代码的人们。

请参阅下面的主要更改列表,其中包含指向文档相关部分的链接。R、Python 和 C 中的所有新功能都列在此处。

请参阅最后以获取(更)完整的更改列表。

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R 接口中更正的错误

  • 一些小的更改以使 R CMD check 清洁
  • 修复了 graph.incidence 中的错误,directedmode 参数未正确处理
  • 中间性和边中间性函数现在适用于具有许多最短路径的图(最多长长整数的限制)
  • 编译软件包时,如果没有可用的 C 编译器,则配置脚本将失败
  • igraph.from.graphNEL 现在创建正确数量的环边
  • 修复了 bipartite.projection() 中的错误,该错误导致某些系统上偶尔崩溃

Python 接口中的新增功能

  • 添加了对加权直径的支持
  • 从现在开始,get_eid() 默认考虑边方向
  • 修复了属性处理程序中的内存泄漏
  • 现在可以正确处理 NaNinf

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更正的错误

  • 中间性和边中间性函数现在适用于具有许多最短路径的图(最多 long long int 的限制)
  • 如果没有可用的 C 编译器,则配置脚本将失败
  • 修复了 igraph_community_spinglass 中的错误,当 csize 是 NULL 指针但 membership 不是时
  • 修复了 igraph_bipartite_projection 中的错误,该错误导致某些系统上偶尔崩溃

发行说明

这是另一个错误修复版本,带有几个新功能。以下是重要的功能。请参阅最后以获取完整的更改列表。

二分图

二分图有两种顶点,并且只允许边连接相反的类型。想想好莱坞电影图,其中包含演员和电影。igraph 0.5.2 现在包含一些处理这些类型网络的函数。

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发行说明

这是另一个错误修复版本,带有几个新功能。以下是重要的功能。请参阅最后以获取完整的更改列表。

二分图

二分图有两种顶点,并且只允许边连接相反的类型。想想好莱坞电影图,其中包含演员和电影。igraph 0.5.2 现在包含一些处理这些类型网络的函数。

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发行说明

这是另一个错误修复版本,带有几个新功能。以下是重要的功能。请参阅最后以获取完整的更改列表。

二分图

二分图有两种顶点,并且只允许边连接相反的类型。想想好莱坞电影图,其中包含演员和电影。igraph 0.5.2 现在包含一些处理这些类型网络的函数。

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igraph 0.5.1 发行说明

igraph 0.5.1 是一个错误修复版本,但实际上它也包含许多重要的新内容。以下是关于它们的简要摘要。请参阅下面以获取完整的更改列表。

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igraph 0.5.1 发行说明

igraph 0.5.1 是一个错误修复版本,但实际上它也包含许多重要的新内容。以下是关于它们的简要摘要。请参阅下面以获取完整的更改列表。

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igraph 0.5.1 发行说明

igraph 0.5.1 是一个错误修复版本,但实际上它也包含许多重要的新内容。以下是关于它们的简要摘要。请参阅下面以获取完整的更改列表。

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发行说明

此版本中有很多改进和更正。我们要感谢所有发送评论、错误报告、补丁或只是问题的人们。没有他们的贡献,igraph 肯定会比现在少得多,也更糟糕。请继续发送您的评论和想法!

以下是主要更改列表,包含指向文档相关部分的链接。完整的更改列表请参见下文。

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发行说明

此版本中有很多改进和更正。我们要感谢所有发送评论、错误报告、补丁或只是问题的人们。没有他们的贡献,igraph 肯定会比现在少得多,也更糟糕。请继续发送您的评论和想法!

以下是主要更改列表,包含指向文档相关部分的链接。完整的更改列表请参见下文。

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发行说明

此版本中有很多改进和更正。我们要感谢所有发送评论、错误报告、补丁或只是问题的人们。没有他们的贡献,igraph 肯定会比现在少得多,也更糟糕。请继续发送您的评论和想法!

以下是主要更改列表,包含指向文档相关部分的链接。完整的更改列表请参见下文。

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2008年1月1日

新增

  • R 接口中的凝聚块查找,感谢 Peter McMahan 贡献了他的代码。参见 James Moody 和 Douglas R. White, 2003, 《结构凝聚力和嵌入性:社会群体层级概念》American Sociological Review 68(1):1-25
  • 双连通分量和铰接点。
  • R 接口:更好的属性打印。
  • R 接口:可以通过 $ 使用图形属性。

错误修复

  • Erdos-Renyi 随机图生成器已重写。

2008年1月1日

新增

  • 双连通分量和铰接点。

错误修复

  • Erdos-Renyi 随机图生成器已重写。

2008年1月1日

新增

  • 双连通分量和铰接点。

C 库中的新功能

  • igraph_vector_bool_t 数据类型。

错误修复

  • Erdos-Renyi 随机图生成器已重写。

2007年10月3日

此版本应与新的 R 2.6.0 版本无缝协作。还修复了一些其他错误

  • 修复了 Erdos-Renyi 图生成器中的一个错误,该错误有时会添加一个额外的顶点。
  • 修复了 MSVC 编译问题。
  • MinGW 编译修复。

2007年10月3日

修复了一些错误

  • 修复了 Erdos-Renyi 图生成器中的一个错误,该错误有时会添加一个额外的顶点。
  • 修复了 MSVC 编译问题。
  • MinGW 编译修复。

2007年10月3日

修复了一些错误

  • 修复了 Erdos-Renyi 图生成器中的一个错误,该错误有时会添加一个额外的顶点。
  • 修复了 MSVC 编译问题。
  • MinGW 编译修复。

2007年8月13日

这是错误修复版本序列中的下一个。感谢许多人发送错误报告。以下是更改

  • 从 R 或 Python 使用属性时,删除了一些内存泄漏。
  • GraphML 解析器:现在可以正确处理多个块中的实体和字符数据。
  • 更正了边介数社区结构检测中的一个错误,如果在同一程序/会话中多次调用该错误,则会失败。
  • 在“相邻边”边迭代器中更正了错误。
  • 边介数社区结构:正确处理未连接的图。
  • 修复了未连接图中快速贪婪社区检测相关的错误。
  • 使用不同类型的解析器 (Push) 读取 GraphML 文件。这对用户来说几乎是不可见的,但修复了读取 GraphML 文件时的一个非确定性错误。
  • R 接口:如果使用向量作为有向图的 edge.width 参数调用 plot,现在可以正确处理。
  • R 接口:更正了 walktrap.community 和加权图的错误(拼写错误)。
  • 测试套件现在应该可以在 Cygwin 上正确运行。

2007年8月13日

这是错误修复版本序列中的下一个。感谢许多人发送错误报告。以下是更改

  • 使用属性时,删除了一些内存泄漏。
  • GraphML 解析器:现在可以正确处理多个块中的实体和字符数据。
  • 更正了边介数社区结构检测中的一个错误,如果在同一程序/会话中多次调用该错误,则会失败。
  • 在“相邻边”边迭代器中更正了错误。
  • Python 接口:更正了边和顶点属性删除错误。
  • 边介数社区结构:正确处理未连接的图。
  • 修复了未连接图中快速贪婪社区检测相关的错误。
  • 使用不同类型的解析器 (Push) 读取 GraphML 文件。这对用户来说几乎是不可见的,但修复了读取 GraphML 文件时的一个非确定性错误。
  • 测试套件现在应该可以在 Cygwin 上正确运行。

2007年8月13日

这是错误修复版本序列中的下一个。感谢许多人发送错误报告。以下是更改

  • GraphML 解析器:现在可以正确处理多个块中的实体和字符数据。
  • 更正了边介数社区结构检测中的一个错误,如果在同一程序/会话中多次调用该错误,则会失败。
  • 在“相邻边”边迭代器中更正了错误。
  • 边介数社区结构:正确处理未连接的图。
  • 修复了未连接图中快速贪婪社区检测相关的错误。
  • 使用不同类型的解析器 (Push) 读取 GraphML 文件。这对用户来说几乎是不可见的,但修复了读取 GraphML 文件时的一个非确定性错误。
  • 测试套件现在应该可以在 Cygwin 上正确运行。

2007年6月7日

这是另一个错误修复版本,因为之前版本的 R 包中存在一个严重的错误:它无法在 MS Windows 下以任何格式读取和写入文件中的图形。

添加了一些其他位

  • 树的圆形 Reingold-Tilford 布局生成器
  • 更正了一个错误,Pajek 文件现在在 MS Windows 下正确写入。
  • R 接口中添加了 arrow.size 图形边参数。

2007年6月7日

这是另一个错误修复版本。添加了一些其他位

  • 树的圆形 Reingold-Tilford 布局生成器
  • 更正了一个错误,Pajek 文件现在在 MS Windows 下正确写入。

2007年6月7日

这是另一个错误修复版本。

添加了一些其他位

  • 树的圆形 Reingold-Tilford 布局生成器
  • 更正了一个错误,Pajek 文件现在在 MS Windows 下正确写入。

2007年5月23日

这是一个小版本,它纠正了许多错误,主要是在 R 包中。


2007年5月23日

这是一个小版本,它纠正了许多错误。


2007年5月23日

这是一个小版本,它纠正了许多错误。


2007年5月21日

此版本中的主要新功能是一堆社区检测算法和对 GML 文件格式的支持。以下是完整的更改列表

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2007年5月21日

此版本中的主要新功能是一堆社区检测算法和对 GML 文件格式的支持。以下是完整的更改列表

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2007年5月21日

此版本中的主要新功能是一堆社区检测算法和对 GML 文件格式的支持。以下是完整的更改列表

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R 接口中的新功能

  • connect.neighborhood()
  • watts.strogatz.game()rewire.edges()
  • K-核分解:graph.coreness()
  • 添加了 inneioutnei 顶点序列索引的简写,参见 help(iterators)
  • 团和独立顶点集相关函数:cliques, largest.cliques, maximal.cliques, clique.number, independent.vertex.sets, largest.independent.vertex.sets, maximal.independent.vertex.sets, independence.number
  • GraphML 文件格式现在支持图形属性
  • edge.lty 参数已添加到 plot.igraphtkplot
  • 传递性计算加速
  • 多重图(即非简单图)的正确传递性计算
  • alpha.centrality added(), 计算 Bonacich α 中心性,参见文档。

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C 库中的新功能

  • igraph_connect_neighborhood(), 名副其实
  • igraph_watts_strogatz_game()igraph_rewire_edges()
  • K-核分解:igraph_coreness()
  • 团和独立顶点集相关函数:igraph_cliques(), igraph_independent_vertex_sets(), igraph_maximal_cliques(), igraph_maximal_independent_vertex_sets(), igraph_independence_number(), `igraph_clique_number(), 其中一些函数是从 Keith Briggs 的 very_nauty 库移植的,谢谢 Keith!
  • GraphML 文件格式现在支持图形属性
  • 传递性计算加速
  • 多重图(即非简单图)的正确传递性计算

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C 库中的新功能

  • igraph_connect_neighborhood(), 名副其实
  • igraph_watts_strogatz_game()igraph_rewire_edges()
  • K-核分解:igraph_coreness()
  • 团和独立顶点集相关函数:igraph_cliques(), igraph_independent_vertex_sets(), igraph_maximal_cliques(), igraph_maximal_independent_vertex_sets(), igraph_independence_number(), `igraph_clique_number(), 其中一些函数是从 Keith Briggs 的 very_nauty 库移植的,谢谢 Keith!
  • GraphML 文件格式现在支持图形属性
  • 传递性计算加速
  • 多重图(即非简单图)的正确传递性计算

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2007年1月8日

Python 接口的文档可用。请参阅菜单中的“文档”部分。


2006年12月19日

这是一个新的主要版本,它包含许多新内容:几何随机图、从 R 中的数据帧创建具有属性的图形、局部传递性等。

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2006年12月19日

这是一个新的主要版本,它包含许多新内容:几何随机图、局部传递性等。

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2006年12月19日

这是一个新的主要版本,它包含许多新内容:几何随机图、局部传递性等。

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2006年8月23日

这是一个错误修复版本。已修复的错误

  • 更正了 igraph_reciprocity(R 中的互易性)以避免段错误
  • 一些文档更新
  • 更新了各种 R 包,使其符合 CRAN 规则

2006年8月23日

这是一个错误修复版本。已修复的错误

  • 更正了 igraph_reciprocity 以避免段错误
  • 一些文档更新

2006年8月23日

这是一个错误修复版本。已修复的错误

  • 更正了 igraph_reciprocity 以避免段错误
  • 一些文档更新

2006年8月18日

我设置了两个 igraph 邮件列表:igraph-help 用于一般 igraph 问题和讨论,igraph-anonunce 用于公告。有关订阅信息、存档等,请参见 http://lists.nongnu.org/mailman/listinfo/igraph-help 和 http://lists.nongnu.org/mailman/listinfo/igraph-announce。


2006年8月18日

终于发布了!igraph 0.2 中有很多新内容,最重要的几个是

  • 使用属性读取写入 Pajek 和 GraphML 格式(并非所有 Pajek 和 GraphML 文件都受支持,请参阅文档了解详细信息)
  • 迭代器已完全重写,现在更快更清晰
  • 实现了 RANDEDU 快速模式搜索算法
  • 许多新的图形生成器,包括游戏和规则图
  • 许多新的结构属性:传递性、互易性等。
  • 图形运算符:并集、交集、差集、结构洞等。
  • 有向图和无向图之间的转换
  • 树和大图的新布局算法,3D 布局

等等。

R 包中的新内容

  • 支持 CTRL+C
  • 新函数:Graph Laplacian、Burt 的约束等。
  • 顶点/边序列已完全重写,智能索引(参见手册)
  • 新的 R 手册和教程:“使用 igraph 进行网络分析”,仍在开发中,但很有用
  • 使用 OpenGL 的非常基本的 3D 绘图

虽然此版本已在 Linux、MS Windows、Mac OSX、Solaris 8 和 FreeBSD 上进行了一些测试,但没有进行大量测试,因此可能包含错误,我们恳请您发送错误报告以使 igraph 更好。


2006年8月18日

终于发布了!igraph 0.2 中有很多新内容,最重要的几个是

  • 使用属性读取写入 Pajek 和 GraphML 格式(并非所有 Pajek 和 GraphML 文件都受支持,请参阅文档了解详细信息)
  • 迭代器已完全重写,现在更快更清晰
  • 实现了 RANDEDU 快速模式搜索算法
  • 许多新的图形生成器,包括游戏和规则图
  • 许多新的结构属性:传递性、互易性等。
  • 图形运算符:并集、交集、差集、结构洞等。
  • 有向图和无向图之间的转换
  • 树和大图的新布局算法,3D 布局

等等。

虽然此版本已在 Linux、MS Windows、Mac OSX、Solaris 8 和 FreeBSD 上进行了一些测试,但没有进行大量测试,因此可能包含错误,我们恳请您发送错误报告以使 igraph 更好。


2006年8月18日

终于发布了!igraph 0.2 中有很多新内容,最重要的几个是

  • 使用属性读取写入 Pajek 和 GraphML 格式(并非所有 Pajek 和 GraphML 文件都受支持,请参阅文档了解详细信息)
  • 迭代器已完全重写,现在更快更清晰
  • 实现了 RANDEDU 快速模式搜索算法
  • 许多新的图形生成器,包括游戏和规则图
  • 许多新的结构属性:传递性、互易性等。
  • 图形运算符:并集、交集、差集、结构洞等。
  • 有向图和无向图之间的转换
  • 树和大图的新布局算法,3D 布局

等等。

虽然此版本已在 Linux、MS Windows、Mac OSX、Solaris 8 和 FreeBSD 上进行了一些测试,但没有进行大量测试,因此可能包含错误,我们恳请您发送错误报告以使 igraph 更好。


2006年1月30日

经过大约一年的开发,这是 igraph 库的第一个“官方”版本。此版本应被视为 beta 软件,但它通常应该是有用的。请发送您的疑问和意见。


2006年1月30日

经过大约一年的开发,这是 igraph 库的第一个“官方”版本。此版本应被视为 beta 软件,但它通常应该是有用的。请发送您的疑问和意见。


2006年1月30日

经过大约一年的开发,这是 igraph 库的第一个“官方”版本。此版本应被视为 beta 软件,但它通常应该是有用的。请发送您的疑问和意见。