发行说明

这是另一个错误修复版本，带有几个新功能。以下是重要的功能。请参阅最后以获取完整的更改列表。

二分图

二分图有两种顶点，并且只允许边连接相反的类型。想想好莱坞电影图，其中包含演员和电影。igraph 0.5.2 现在包含一些处理这些类型网络的函数。

标签传播社群发现算法

这是一个简单直观的社群发现算法，由 Raghavan 等人在 2007 年发表（请参阅文档以获取完整引用）。它的工作原理是为顶点分配标签，然后根据邻居中的多数投票更新标签。

DrL 布局生成器的 3D 版本

DrL 布局生成器已扩展为生成三维布局。虽然比常规 2D 版本慢，但这对于那些在 3D 中进行可视化的人来说是一个不错的补充。

R GUI（有限）

R 包中现在包含一个最小的支持 GUI。它仅包含 igraph 功能的一小部分，但仍然有用，例如在教学中。加载 igraph 包后，您可以通过键入 tkigraph() 来启动它。

Johnson 最短路径算法

Johnson 算法是在具有一些负边权重但没有负环的网络中查找所有最短路径的良好选择。

平均最近邻居度

添加了一个新函数来计算所有或某些顶点的邻居的平均度。它也支持该度量的边加权版本。

R 图中的弯曲边

plot() 和 tkplot() 都支持弯曲边。有关更多详细信息，请参阅 ?igraph.plotting。

修复了几个错误和内存泄漏

除了错误修复之外，还重写了一些函数以加快速度。

R 接口中的新功能

• 添加了对 beweenness() 和 betweenness.estimate(), layout.drl() 的进度条支持
• 加快了 betweenness 估计
• 加快了 are.connected()
• 添加了 Johnson 最短路径算法
• shortest.paths() 现在有一个 algorithm 参数，可以手动从各种实现中进行选择
• 打印图或边时始终引用符号顶点名称
• 平均最近邻居度计算, graph.knn()
• 加权度（也称为强度）计算, graph.strength()
• 一些新的函数来支持二分图: graph.bipartite(), is.bipartite(), get.indicence(), graph.incidence(), bipartite.projection(), bipartite.projection.size()
• 支持使用 plot.igraph() 和 tkplot() 绘制弯曲边
• 在 alpha.centrality() 中添加了对加权图的支持
• 添加了 Raghavan 等人的标签传播社群检测算法, label.propagation.community()
• cohesive.blocks() 现在有一个 cutsetHeuristic 参数，用于在两种 cutset 算法之间进行选择
• 添加了一个“展开”树的函数, unfold.tree()
• 新的 tkplot() 参数用于更改绘图区域
• 添加了一个最小的 GUI，使用 tkigraph() 调用它
• DrL 布局生成器, layout.drl() 现在有一个三维模式。

R 接口中更正的错误

• 修复了 VF2 图同构函数中的一个错误
• 修复了在 get.adjacency() 中请求稀疏邻接矩阵并且图已命名时的一个错误
• degree.sequence.game() 中的 VL 图生成器现在检查度的总和是否为偶数
• 许多修复程序用于支持各种编译器，例如 GCC 4.4 和 Sun 的 C 编译器
• 修复了 graph.automorphisms(), Bellman-Ford shortest.paths(), independent.vertex.sets() 中的内存泄漏
• 修复了从 LGL 导入图形并导出到 NCOL 格式时的错误 (#289596)
• cohesive.blocks() 在会话临时目录中创建其临时文件
• 当给出未知参数时，write.graph() 和 read.graph() 现在会给出错误消息
• GraphML 阅读器检查属性的名称以避免添加重复的 id 属性
• 可以更改 leading.eigenvector.community() 的 ncv ARPACK 参数
• 修复了 path.length.hist() 中的一个错误, 对于未连接和无向图, unconnected 是错误的
• 更好地处理通过迭代器进行的属性分配，现在也在手册中对此进行了说明
• 更好的未知顶点形状的错误消息
• 如果使用 unloadNamespace(), 则使 R 包干净地卸载
• 修复了绘制方形顶点时的错误 (#325244)
• 修复了当矩阵是 dgTMatrix 类的稀疏矩阵时 graph.adjacency() 中的一个错误