发行说明

库本身有很多新功能，以及项目生命中的其他重要更改。感谢大家的发送代码和报告错误！

github 上的 igraph

igraph 的开发已从 Launchpad 转移到 github。实际上，这几个月前已经发生，但从未正式宣布。报告错误的地方是 https://github.com/igraph/igraph/issues。

新主页

igraph 的主页现在托管在 https://igraph.cn，它是全新的。我们希望使其更易于使用和现代。

更好的 nightly 下载

您可以从 https://igraph.cn/nightly 下载每夜构建版本。源代码和二进制 R 包（适用于 Windows 和 OSX）都已构建。

R：新特性和错误修复

• 添加了分层随机图的演示，通过 demo(hrg) 调用它。
• 在写入 GraphML 文件时使属性前缀成为可选。
• 添加了函数 mod.matrix()。
• 支持在主导特征向量社区检测中使用的边权重。
• 添加了 LAD 库，用于检查（子）图同构，版本 1。
• 逻辑属性。
• 添加了 layout.bipartite() 函数，这是一个用于二分图的简单两列布局。
• 支持二分 Pajek 文件中的关联矩阵。
• 矩阵格式的 Pajek 文件现在默认是有向的，除非它们是二分图。
• 当文件采用矩阵格式时，支持 Pajek 中加权（和有符号）网络。
• 修复了 barabasi.game() 中的一个错误，算法 psumtree-multiple 只是冻结了。
• 函数 layout.mds() 默认现在返回一个布局矩阵。
• 在 GraphML 和 GML 读取器和写入器中添加了对布尔属性的支持。
• 更新 MDS 布局坐标，第一维根据第一个特征值等。
• plot.communities()（实际上是 plot.igraph()）默认在标记的组周围绘制边框。
• 打印图现在将 name 图属性转换为字符
• 方便的函数可以一次查询和设置所有属性：vertex.attriubutes()、graph.attributes() 和 edge.attributes()。
• 函数 graph.disjoint.union() 现在处理属性。
• 重写 graph.union() 以正确处理属性。
• rewire()：现在支持环的生成和销毁。
• Erdos-Renyi 型二分随机图：bipartite.random.game()。
• 支持 get_shortest_paths() 的新选项（predecessors 和 inbound_edges），完全重新组织了 get.shortest.paths() 的输出。
• 添加了 graphlets() 和相关函数。
• 如果根本没有合并，则修复多层社区的模块化值。
• 修复了在矩阵表示法中使用 FALSE 删除边时的错误。
• 修复 bonpow() 和 alpha.centrality() 并确保调用稀疏求解器。
• tkplot() 新闻：允许通过命令行通过 tkplot.setcoords() 设置坐标，并通过 tkplot.canvas() 访问画布。
• 修复了 igraph_edge_connectivity() 中潜在的崩溃，因为 C 代码中存在未初始化的变量。
• 避免在 closeness() 和相关函数中溢出。
• 在 bipartite.projection() 中将 ‘type’ 转换为逻辑后检查 NAs。
• graphNEL 转换函数仅在之前未加载 ‘graph’ 包时加载它，并在搜索路径的末尾加载它，以最大限度地减少冲突。
• 修复了从邻接矩阵创建图时的错误，我们现在将它们转换为 double，以防它们是整数。
• 修复了 infomap 社区检测中的无效内存读取（以及潜在的崩溃）。
• 修复了具有属性组合的函数中的内存泄漏。
• 从 SCG 函数中删除了一些内存泄漏。
• 修复了光线追踪器中的一些内存泄漏。
• 修复了 graph.bfs() 和 graph.dfs() 中的内存泄漏。
• 修复了 triad census 中将结果的第一个元素设置为 NaN 的错误。
• 修复了 is.chordal() 中的崩溃。
• 修复了加权模块化计算中的一个错误，权重的总和被截断为整数。
• 修复了加权多层社区中的一个错误，最大权重被舍入为整数。
• 修复了 centralization.closeness.tmax() 中的一个错误。
• 重新实现具有间隙启发式的 push-relabel 最大流算法。
• 最大流函数现在返回有关 push relabel 算法步骤的一些统计信息。
• 函数 arpack() 现在在给出未知选项时给出错误消息。
• 修复了当 ID 属性为数字时，Pajek 写入器中缺少空格的问题。
• 修复了当 ID 属性为非数字时导致 GML 读取器崩溃的错误。
• 修复了问题 #500，如果 BLISS 中的两个图在顶点或边的数量上有所不同，则可能发生段错误。
• 添加了 igraphtest() 函数。
• 修复了 dyad census 不稳定性，有时会报告不正确的结果。
• Dyad census 现在检测整数溢出并给出警告。
• 函数 add.edges() 现在不允许顶点集中的零。
• 添加了一个函数来计算相邻三角形的数量：adjacenct.triangles()。
• 添加了 graph.eigen() 函数，邻接矩阵上的特征值问题。
• 为创建大量图的函数添加了一些解决方法，decompose.graph() 和 graph.neighborhood() 使用它。修复了问题 #508。
• 添加了对 optimal.community() 的权重支持，关闭 #511。
• 更快的最大团查找。
• 添加了一个函数来计算最大团。
• 集合运算：union、intersection、disjoint、union、difference、compose 现在基于顶点名称（如果存在）并且保留属性，关闭 #20。
• 删除了函数 graph.intersection.by.name()、graph.union.by.name()、graph.difference.by.name()。
• 图上的 + 运算符现在如果两个参数图都已命名，则调用 graph.union()，否则调用 graph.disjoint.union()。
• 添加了函数 igraph.version()。
• 从随机块模型生成图：sbm.game()。
• 不再建议 stats、XML、jpeg 和 png 包。
• 修复了 set.vertex/edge.attribute 错误，该错误在复制后更改了两个图对象 (#533)
• 修复了 barabasi.game 中导致崩溃的错误。
• 我们使用 PRPACK 来计算 PageRank 分数，请参阅 https://github.com/dgleich/prpack
• 添加了 'which 参数到 bipartite.projection (#307)。
• 向 closeness 函数添加 normalized 参数，修复问题 #3。
• R：更好地处理复杂属性，顶点/边集合上的 [[，修复 #231。
• 在 hrg.fit 中实现 start 参数 (#225)。
• 在 Reingold-Tilford 布局中设置根顶点，解决 #473。
• 修复有向图的介数中心性归一化。
• 修复了 graph.density 中的一个错误，该错误导致带环的无向图的错误值
• 修复了一次 C 调用中创建许多图（例如，通过 graph.decompose）时的错误，导致 #550。
• 修复了具有一条边的图和具有零条边的图的稀疏 graph.adjacency 错误。
• 修复了一个使 Bellman-Ford 最短路径计算失败的错误。
• 修复了无向、加权图和稀疏矩阵的 graph.adjacency 错误。
• main、sub、xlab 和 ylab 现在是正确的图形参数 (#555)。
• graph.data.frame 将参数强制转换为数据框 (#557)。
• 修复了加权无向图的最小割错误 (#564)。
• 用于模拟网络上的流行病（SIR 模型）的函数，请参阅 sir 函数。
• 修复了 graph.mincut 和相关函数中的参数顺序。
• 避免在查询函数和打印中复制属性 (#573)，对于具有许多顶点/边和属性的图，这些函数现在快得多。
• 如果某些属性是整数，则加快写入 GML 和 GraphML 文件。这真的非常慢。
• 修复了 graph.bfs 中的多个根顶点 (#575)。