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关于 igraph 发布和其他事项

R/igraph 1.2.7

为了使 igraph 的 R 接口更接近 C 核心的最新发展,我们发布了 R-igraph 1.2.7,这是 1.2 系列的第七个错误修复版本。此版本将 R 接口中的 igraph 的 C 核心更新到 0.8.5 版本,虽然仍然落后于主线 C 核心的几个版本,但与之前的版本相比,修复了一系列错误并引入了一些新功能。

此版本只是一个开始;在接下来的几个月中,我们的目标是处理 Github 问题跟踪器上的大多数问题,关闭不再相关的问题,修复应该修复的问题,然后继续将 R 接口更新到 C 核心的 0.9.4 版本,这是撰写本文时最新的 C 核心版本。

发行说明

已添加

  • 添加了 cluster_leiden() 作为 igraph C 核心中 Leiden 社区检测算法的接口 (#399
  • 添加了 cluster_fluid_communities() 作为 igraph C 核心的流体社区算法的接口 (#454

已修复

  • make_lattice() 在打印警告时正确地将 length 四舍五入到最接近的整数 (#115
  • make_empty_graph(NULL) 现在会打印错误而不是生成无效图形 (#404)。
  • make_graph(c()) 现在会生成一个空图,而不是打印误导性错误消息 (#431)。
  • 打印某些边的两个端点的名称都为 NA 的图形不再产生误导性错误消息 (#410)。
  • 与二分图相关的函数的 types 参数现在在类型被强制转换为布尔值时会打印警告 (#476)。
  • 介数中心性归一化不再溢出 (#442)。
  • layout_with_sugiyama() 即使图中只有一个顶点也返回矩阵类型的布局 (#408)。
  • 绘制空图(即没有顶点的图)不再抛出错误 (#387)。

已弃用

  • modularity.matrix()membership 参数现已弃用,因为该函数无论如何都不需要它。
  • modularity() 现在在应用于有向图时会打印警告,因为 igraph 的 C 核心中的实现截至 0.8.5 版本不支持有向图。该警告将在 R 接口的下一个小版本 (1.3.0) 中变为错误;当 C 核心更新到支持有向网络模块化的版本时,该错误将被删除。
  • transitivity() 现在在其局部变体 (type="local") 在有向图或具有多条边的图上调用时会打印警告,因为 igraph 的 C 核心中的实现截至 0.8.5 版本在这些情况下无法可靠地工作。该警告将在 R 接口的下一个小版本 (1.3.0) 中变为错误;当 C 核心更新到支持具有多条边的网络传递性的版本时,该错误将被删除。

杂项

  • 文档改进。