R igraph 手册页

plot_dendrogram {igraph}

R 文档

社群结构树状图绘图

描述

将层级社群结构绘制为树状图。

用法

plot_dendrogram(x, mode = igraph_opt("dend.plot.type"), ...)

## S3 method for class 'communities'
plot_dendrogram(
  x,
  mode = igraph_opt("dend.plot.type"),
  ...,
  use.modularity = FALSE,
  palette = categorical_pal(8)
)

参数

x	一个包含图的社群结构的对象。 详见 communities 。
模式	要使用的树状图绘制函数。 详见下文。
...	提供给树状图绘制函数的附加参数。
use.modularity	逻辑标量，是否使用模块化值来定义分支的高度。
palette	用于彩色绘图的调色板。

详细信息

plot_dendrogram 支持三种不同的绘图函数，通过 mode 参数选择。默认情况下，绘图函数取自 dend.plot.type igraph 选项，它有以下可能的值

• auto 在绘图函数之间自动选择。 由于 plot.phylo 是最复杂的，因此只要 ape 包可用，就会选择它。 否则，使用 plot.hclust 。

• phylo 使用来自 ape 包的 plot.phylo 。

• hclust 使用来自 stats 包的 plot.hclust 。

• dendrogram 使用来自 stats 包的 plot.dendrogram 。

不同的绘图函数采用不同的参数集。 使用 plot.phylo ( mode="phylo" ) 时，我们有以下语法

    plot_dendrogram(x, mode="phylo", colbar = palette(),
            edge.color = NULL, use.edge.length = FALSE, \dots)

上面未记录的额外参数

• colbar 边的颜色条。

• edge.color 边的颜色。 如果 NULL ，则使用 colbar 参数。

• use.edge.length 传递给 plot.phylo 。

• dots 传递给 plot.phylo 的附加参数。

plot.hclust 的语法 ( mode="hclust" )

    plot_dendrogram(x, mode="hclust", rect = 0, colbar = palette(),
            hang = 0.01, ann = FALSE, main = "", sub = "", xlab = "",
            ylab = "", \dots)

上面未记录的额外参数

• rect 一个数值标量，要在树状图上标记的组数。 树状图被切割成精确的 rect 组，并通过 rect.hclust 命令进行标记。 如果您不想标记任何组，请将其设置为零。

• colbar 通过 rect 参数标记顶点组的矩形的颜色。

• hang 将叶节点放置在哪里，这对应于 plot.hclust 的 hang 参数。

• ann 是否注释绘图， plot.hclust 的 ann 参数。

• main 绘图的主标题， plot.hclust 的 main 参数。

• sub 绘图的副标题， plot.hclust 的 sub 参数。

• xlab 水平轴上的标签，传递给 plot.hclust 。

• ylab 垂直轴上的标签，传递给 plot.hclust 。

• dots 传递给 plot.hclust 的附加参数。

plot.dendrogram 的语法 ( mode="dendrogram" )

    plot_dendrogram(x, \dots)

额外的参数只是简单地传递给 as.dendrogram 。

值

返回来自绘图函数的返回值， plot.phylo 、 plot.dendrogram 或 plot.hclust 。

作者

Gabor Csardi csardi.gabor@gmail.com

示例

karate <- make_graph("Zachary")
fc <- cluster_fast_greedy(karate)
plot_dendrogram(fc)

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