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layout_with_drl {igraph}

R 文档

DrL 图布局生成器

描述

DrL 是一个力导向图布局工具箱，专注于真实世界的大规模图，由 Shawn Martin 和桑迪亚国家实验室的同事开发。

用法

layout_with_drl(
  graph,
  use.seed = FALSE,
  seed = matrix(runif(vcount(graph) * 2), ncol = 2),
  options = drl_defaults$default,
  weights = NULL,
  fixed = NULL,
  dim = 2
)

with_drl(...)

参数

图	输入图可以是定向图或无向图。
use.seed	逻辑标量，是否使用 seed 参数中给出的坐标作为起点。
seed	一个两列的矩阵，如果 use.seed 为 TRUE，则表示顶点的起始坐标。否则将被忽略。
选项	布局生成器的选项，一个命名列表。请参阅下面的详细信息。
weights	边的权重。它必须是一个正数值向量，NULL 或 NA。如果它是 NULL 并且输入图有一个 ‘weight’ 边属性，那么将使用该属性。如果为 NULL 并且不存在此类属性，则边将具有相等的权重。如果该图有一个 ‘weight’ 边属性，但您不想将其用于布局，请将其设置为 NA。较大的边权重对应于更强的连接。
fixed	逻辑向量，可用于固定某些顶点。不幸的是，这从未在 igraph 库的 C 核心中实现，因此从未起作用。该参数现已弃用，将在 igraph 1.4.0 中删除。
dim	‘2’ 或 ‘3’，指定我们想要二维布局还是三维布局。请注意，由于 DrL 算法的性质，三维布局需要更长的时间来计算。
...	传递给 layout_with_drl。

详细信息

此函数实现了力导向 DrL 布局生成器。

该生成器具有以下参数

edge.cut

边缘切割在算法的后期阶段完成，以实现密度较低的布局。如果边上的压力很大（目标函数总和中的值很大），则会切割边。边缘切割参数是 0 到 1 之间的值，其中 0 表示不进行边缘切割，1 表示最大边缘切割。

init.iterations

第一阶段的迭代次数。

init.temperature

起始温度，第一阶段。

init.attraction

吸引力，第一阶段。

init.damping.mult

阻尼，第一阶段。

liquid.iterations

迭代次数，液化阶段。

liquid.temperature

起始温度，液化阶段。

liquid.attraction

吸引力，液化阶段。

liquid.damping.mult

阻尼，液化阶段。

expansion.iterations

迭代次数，膨胀阶段。

expansion.temperature

起始温度，膨胀阶段。

expansion.attraction

吸引力，膨胀阶段。

expansion.damping.mult

阻尼，膨胀阶段。

cooldown.iterations

迭代次数，冷却阶段。

cooldown.temperature

起始温度，冷却阶段。

cooldown.attraction

吸引力，冷却阶段。

cooldown.damping.mult

阻尼，冷却阶段。

crunch.iterations

迭代次数，压缩阶段。

crunch.temperature

起始温度，压缩阶段。

crunch.attraction

吸引力，压缩阶段。

crunch.damping.mult

阻尼，压缩阶段。

simmer.iterations

迭代次数，缓和阶段。

simmer.temperature

起始温度，缓和阶段。

simmer.attraction

吸引力，缓和阶段。

simmer.damping.mult

阻尼，缓和阶段。

还有五种预定义的参数设置，它们被称为 drl_defaults$default、drl_defaults$coarsen、drl_defaults$coarsest、drl_defaults$refine 和 drl_defaults$final。

值

一个两列的数值矩阵。

作者

Shawn Martin (http://www.cs.otago.ac.nz/homepages/smartin/) 和 Gabor Csardi csardi.gabor@gmail.com，R/igraph 接口和三维版本的开发者。

参考

请参阅以下技术报告：Martin, S., Brown, W.M., Klavans, R., Boyack, K.W., DrL: Distributed Recursive (Graph) Layout. SAND Reports, 2008. 2936: p. 1-10.

参见

layout 获取其他布局生成器。

示例

g <- as.undirected(sample_pa(100, m=1))
l <- layout_with_drl(g, options=list(simmer.attraction=0))
## Not run: 
plot(g, layout=l, vertex.size=3, vertex.label=NA)

## End(Not run)

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