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igraph.drawing.graph.CytoscapeGraphDrawer

类文档

class CytoscapeGraphDrawer(AbstractXMLRPCDrawer, AbstractGraphDrawer)

在层级结构中查看

图绘制器，使用 CytoscapeRPC 发送/接收到/从 Cytoscape 的图形。

这个图绘制器与 Cytoscape 协作，使用 CytoscapeRPC。 你需要先安装 CytoscapeRPC 插件，并在 Cytoscape 的相应插件子菜单中启动给定端口（默认为端口 9000）上的 XML-RPC 服务器。

图、顶点和边的属性会尽可能传输到 Cytoscape（即，当 Python 类型和 Cytoscape 类型之间存在合适的映射时）。 如果 Python 类型没有合适的 Cytoscape 类型，则绘制器将在 Cytoscape 端使用字符串属性并调用str()在 Python 属性上。

如果要创建的属性在 Cytoscape 端已存在且类型不同，则会在属性名称后附加下划线以解决类型冲突。

您可以使用network_id这个类的属性来找出用这个绘制器绘制的最后一个图的网络 ID。

静态方法 infer_cytoscape_type 返回可用于表示所有值的 Cytoscape 类型values以及一个经过适当转换的副本values，适合 XML-RPC 调用。 请注意，Cytoscape 中的字符串类型用作包罗万象的类型； 如果没有其他类型适合，属性值将被转换为字符串，然后发布到 Cytoscape。
方法 __init__ 使用给定 URL 上的 Cytoscape 的 XML-RPC 接口构造 Cytoscape 图绘制器。
方法 draw 将给定的图作为新网络发送到 Cytoscape。
方法 fetch 从 Cytoscape 中获取具有给定名称的网络。
实例变量 network_id 未归档

继承自 AbstractXMLRPCDrawer

实例变量 server 未归档
实例变量 service 未归档
静态方法 _resolve_hostname 解析给定的 URL，将主机名解析为 IP 地址，并返回带有已解析 IP 地址的新 URL。 这大大加快了在 Mac OS X 上的速度，否则每次 XML-RPC 调用都会执行 IP 查找。

继承自 AbstractGraphDrawer (通过 AbstractXMLRPCDrawer)

静态方法 ensure_layout Helper 方法，用于确保 layout 是 Layout 的一个实例。 如果不是，该方法将尝试根据以下规则将其转换为 Layout
静态方法 _determine_edge_order 返回给定图的边的绘制顺序，假设相关的关键字参数（edge_order和edge_order_by）在kwds中作为字典给出。如果两者都不是edge_order...
静态方法 _determine_vertex_order 返回给定图的顶点的绘制顺序，假设相关的关键字参数（vertex_order和vertex_order_by）在kwds作为字典。如果两者都不是...
@staticmethod
def infer_cytoscape_type(values):

返回可用于表示所有值的 Cytoscape 类型values以及一个经过适当转换的副本values，适合 XML-RPC 调用。 请注意，Cytoscape 中的字符串类型用作包罗万象的类型； 如果没有其他类型适合，属性值将被转换为字符串，然后发布到 Cytoscape。

None条目允许在values中，它们将在 Cytoscape 端被忽略。

def __init__(self, url='https://:9000/Cytoscape'):
重写 igraph.drawing.baseclasses.AbstractXMLRPCDrawer.__init__

使用给定 URL 上的 Cytoscape 的 XML-RPC 接口构造 Cytoscape 图绘制器。

def draw(self, graph, name='Network from igraph', create_view=True, *args, **kwds):
覆盖 igraph.drawing.baseclasses.AbstractGraphDrawer.draw

将给定的图作为新网络发送到 Cytoscape。

参数
图未归档
nameCytoscape 中网络的名称。
create_view是否在 Cytoscape 中为网络创建一个视图。默认为True.
*args未归档
**kwds未归档
node_ids指定 Cytoscape 中要使用的节点的标识符。 这必须是顶点属性的名称，或者是一个列表，指定标识符，图中每个节点一个。 默认值为None，它只是为每个顶点使用顶点索引。
def fetch(self, name=None, directed=False, keep_canonical_names=False):

从 Cytoscape 中获取具有给定名称的网络。

从 Cytoscape 获取网络时，canonicalName默认情况下，顶点和边的属性不会被转换。 使用keep_canonical_names参数来检索这些属性。

参数
nameCytoscape 中网络的名称。
有向网络是否是有向的。
keep_canonical_names是否保留canonicalNameCytoscape 自动添加的顶点/边属性
返回值
一个适当构造的 igraph Graph。
network_id =

未归档