python-igraph API 参考

类文档

class Dendrogram

已知子类： igraph.VertexDendrogram

某些数据集的层次聚类（树状图）。

层次聚类意味着我们不仅知道元素是如何被分成组的，还知道个体元素是如何被组合成更大的子组的确切历史。

这个类在内部用一个 n 行 2 列的矩阵来表示层次结构--更准确地说，是一个大小为 2 的列表的列表。这与igraph的 C 核心使用的原始格式完全相同。矩阵的第 i 行包含在时间步 i 中被连接的两个簇的索引。联合组将由 ID n + i 表示，其中 i 从 1 开始。联合组的 ID 将在接下来的步骤中被引用，而不是它的任何单个成员。所以，小于或等于 n 的 ID （其中 n 是矩阵中的行数）表示数据集的原始成员（ID 从 0 到 n），而大于 n + 1 的 ID 表示联合组。例如，看看一个给定的五个节点的聚类树状图和内部表示

  0 -+
     |
  1 -+-+
       |
  2 ---+-+        <====>   [[0, 1], [3, 4], [2, 5], [6, 7]]
         |
  3 -+   |
     |   |
  4 -+---+---

方法	`__init__`	创建一个层次聚类。
方法	`__plot__`	在给定的 Cairo 上下文或 matplotlib Axes 上绘制树状图。
方法	`__str__`	未归档
方法	`format`	以其他格式格式化树状图。
方法	`names.setter`	设置树状图中节点的名称
方法	`summary`	返回树状图的摘要。
属性	`merges`	以矩阵格式返回执行的合并
属性	`names`	返回树状图中节点的名称
静态方法	`_convert_matrix_to_tuple_repr`	将聚类的矩阵表示形式转换为元组表示形式。
方法	`_traverse_inorder`	进行合并树的中序遍历。
实例变量	`_merges`	未归档
实例变量	`_names`	未归档
实例变量	`_nitems`	未归档
实例变量	`_nmerges`	未归档

def __init__(self, merges): ¶

在 igraph.VertexDendrogram 中被覆盖

创建一个层次聚类。

参数
merges	合并历史，可以是矩阵格式或元组格式

def __plot__(self, backend, context, *args, **kwds): ¶

在 igraph.VertexDendrogram 中被覆盖

在给定的 Cairo 上下文或 matplotlib Axes 上绘制树状图。

支持的关键字参数有

orientation: 树状图的方向。必须是以下值之一left-right, bottom-top, right-left之一或top-bottom. 个别元素总是放置在前一个边缘，合并朝着后一个边缘执行。可能的别名horizontal = left-right, vertical = bottom-top, lr = left-right, rl = right-left, tb = top-bottom, bt = bottom-top。默认是left-right.

def __str__(self): ¶

未归档

def format(self, format='newick'): ¶

以其他格式格式化树状图。

目前只支持 Newick 格式。

示例

>>> d = Dendrogram([(2, 3), (0, 1), (4, 5)])
>>> d.format()
'((2,3)4,(0,1)5)6;'
>>> d.names = list("ABCDEFG")
>>> d.format()
'((C,D)E,(A,B)F)G;'

@names.setter
def names(self, items): ¶

设置树状图中节点的名称

def summary(self, verbosity=0, max_leaf_count=40): ¶

返回树状图的摘要。

摘要包括叶子和分支的数量，以及树状图的 ASCII 艺术表示，除非它太大。

参数
verbosity	确定是否应打印树状图的 ASCII 表示。零详细度仅打印叶子和分支的数量。
max_leaf_count	要在 ASCII 表示中打印的最大叶子数。如果树状图的叶子数超过此限制，即使详细度大于或等于 1，也不会打印 ASCII 表示。
返回值
树状图的摘要，以字符串形式表示。

@property
merges = ¶

以矩阵格式返回执行的合并

@property
names = ¶

返回树状图中节点的名称

@staticmethod
def _convert_matrix_to_tuple_repr(merges, n=None): ¶

将聚类的矩阵表示形式转换为元组表示形式。

参数
merges	聚类的矩阵表示
n	未归档
返回值
聚类的元组表示

def _traverse_inorder(self): ¶

进行合并树的中序遍历。

中序遍历按它们应该被绘制的顺序返回最后一层的节点，以便没有边彼此交叉。

返回值
中序遍历的结果，以列表形式表示。

_merges = ¶

未归档

_names = ¶

在 igraph.VertexDendrogram 中被覆盖

未归档

_nitems = ¶

未归档

_nmerges = ¶

未归档

igraph.Dendrogram

`igraph.Dendrogram`