class CytoscapeGraphDrawer(AbstractXMLRPCDrawer, AbstractGraphDrawer)
图绘制器,使用 CytoscapeRPC 发送/接收到/从 Cytoscape 的图形。
此图绘制器与 Cytoscape 协作,使用 CytoscapeRPC。 您需要首先安装 CytoscapeRPC 插件,并从 Cytoscape 中相应的 Plugins 子菜单中启动给定端口(默认为端口 9000)上的 XML-RPC 服务器。
只要有可能,图形、顶点和边的属性就会传输到 Cytoscape(即,当 Python 类型和 Cytoscape 类型之间存在合适的映射时)。 如果 Python 类型没有合适的 Cytoscape 类型,则绘制器将在 Cytoscape 端使用字符串属性并调用str()在 Python 属性上。
如果要在 Cytoscape 端创建的属性已经存在且类型不同,则会在属性名称后附加一个下划线以解决类型冲突。
您可以使用此类的network_id属性来找出使用此绘制器绘制的最后一个图的网络 ID。
静态方法 | infer |
返回一个 Cytoscape 类型,可用于表示values中的所有值,以及values的一个适当转换的副本,适合 XML-RPC 调用。 请注意,Cytoscape 中的字符串类型用作捕获所有类型; 如果没有其他类型适合,属性值将转换为字符串,然后发布到 Cytoscape。 |
方法 | __init__ |
使用 Cytoscape 在给定 URL 的 XML-RPC 接口构造 Cytoscape 图形绘制器。 |
方法 | draw |
将给定的图形作为新网络发送到 Cytoscape。 |
方法 | fetch |
从 Cytoscape 获取具有给定名称的网络。 |
实例变量 | network |
未归档 |
实例变量 | server |
未归档 |
实例变量 | service |
未归档 |
静态方法 | _resolve |
解析给定的 URL,将主机名解析为 IP 地址,并返回带有已解析 IP 地址的新 URL。 这大大加快了在 Mac OS X 上的速度,否则每次 XML-RPC 调用都会执行 IP 查找。 |
继承自 AbstractGraphDrawer
(通过 AbstractXMLRPCDrawer
)
方法 | ensure |
辅助方法,确保 layout 是 Layout 的一个实例。 如果不是,该方法将尝试根据以下规则将其转换为 Layout |
返回一个 Cytoscape 类型,可用于表示values中的所有值,以及values的一个适当转换的副本,适合 XML-RPC 调用。 请注意,Cytoscape 中的字符串类型用作捕获所有类型; 如果没有其他类型适合,属性值将转换为字符串,然后发布到 Cytoscape。
None允许在values中输入,它们将在 Cytoscape 端被忽略。
将给定的图形作为新网络发送到 Cytoscape。
参数 | |
图 | 未归档 |
name | Cytoscape 中网络的名称。 |
create | 是否在 Cytoscape 中为网络创建视图。默认为True. |
*args | 未归档 |
**kwds | 未归档 |
node | 指定要在 Cytoscape 中使用的节点的标识符。 这必须是顶点属性的名称或指定标识符的列表,每个标识符对应图中的一个节点。 默认为None,它只是为每个顶点使用顶点索引。 |
从 Cytoscape 获取具有给定名称的网络。
从 Cytoscape 获取网络时,默认情况下不转换顶点和边的canonicalName属性。 使用keep_canonical_names参数也可以检索这些属性。
参数 | |
name | Cytoscape 中网络的名称。 |
有向 | 网络是否是有向的。 |
keep | 是否保留 Cytoscape 自动添加的canonicalName顶点/边属性 |
返回值 | |
适当构造的 igraph Graph 。 |