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layout_with_kk {igraph}

R 文档

Kamada-Kawai 布局算法

描述

基于弹簧的物理模型，将顶点放置在平面或 3D 空间中。

用法

layout_with_kk(
  graph,
  coords = NULL,
  dim = 2,
  maxiter = 50 * vcount(graph),
  epsilon = 0,
  kkconst = max(vcount(graph), 1),
  weights = NULL,
  minx = NULL,
  maxx = NULL,
  miny = NULL,
  maxy = NULL,
  minz = NULL,
  maxz = NULL,
  niter,
  sigma,
  initemp,
  coolexp,
  start
)

with_kk(...)

参数

图	输入图。边方向将被忽略。
coords	如果不是 NULL，则起始坐标应在此处给出，以两列或三列矩阵的形式，具体取决于 dim 参数。
dim	整数标量，2 或 3，布局的维度。二维布局放置在平面上，三维布局放置在 3d 空间中。
maxiter	要执行的最大迭代次数。算法可能会提前终止，请参阅 epsilon 参数。
epsilon	数值标量，如果最大增量小于此值，则算法终止。（有关增量的含义，请参阅下面的参考资料。）如果将其设置为零，则函数始终执行 maxiter 次迭代。
kkconst	数值标量，Kamada-Kawai 顶点吸引常数。典型（且默认）值为顶点数。
weights	边权重，较大的值将导致较长的边。请注意，这与 layout_with_fr 相反。权重必须为正数。
minx	如果不是 NULL，则它必须是一个数值向量，给出顶点“x”坐标的下限。向量的长度必须与图中的顶点数匹配。
maxx	类似于 minx，但给出了上限。
miny	类似于 minx，但给出了“y”坐标的下限。
maxy	类似于 minx，但给出了“y”坐标的上限。
minz	类似于 minx，但给出了“z”坐标的下限。
maxz	类似于 minx，但给出了“z”坐标的上限。
niter, sigma, initemp, coolexp	从 igraph 版本 0.8.0 开始不支持这些参数，并且会被忽略（并发出警告）。
开始	coords 的已弃用同义词，用于兼容性。
...	传递给 layout_with_kk。

详细信息

有关该算法的详细信息，请参阅下面引用的论文。

此函数在 igraph 版本 0.8.0 中从头开始重写，现在忠实地遵循了 Kamada 和 Kawai 的原始出版物。

值

一个数值矩阵，具有两列 (dim=2) 或三列 (dim=3)，以及与顶点数一样多的行，顶点的 x、y 和可能的 z 坐标。

作者

Gabor Csardi csardi.gabor@gmail.com

参考

Kamada, T. and Kawai, S.: An Algorithm for Drawing General Undirected Graphs. Information Processing Letters, 31/1, 7–15, 1989.

参见

layout_with_drl, plot.igraph, tkplot

其他图形布局：add_layout_(), component_wise(), layout_as_bipartite(), layout_as_star(), layout_as_tree(), layout_in_circle(), layout_nicely(), layout_on_grid(), layout_on_sphere(), layout_randomly(), layout_with_dh(), layout_with_fr(), layout_with_gem(), layout_with_graphopt(), layout_with_lgl(), layout_with_mds(), layout_with_sugiyama(), layout_(), merge_coords(), norm_coords(), normalize()

示例

g <- make_ring(10)
E(g)$weight <- rep(1:2, length.out=ecount(g))
plot(g, layout=layout_with_kk, edge.label=E(g)$weight)

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