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layout_with_dh {igraph}

R 文档

Davidson-Harel 布局算法

描述

根据 Davidson 和 Harel 的模拟退火算法，将图的顶点放置在平面上。

用法

layout_with_dh(
  graph,
  coords = NULL,
  maxiter = 10,
  fineiter = max(10, log2(vcount(graph))),
  cool.fact = 0.75,
  weight.node.dist = 1,
  weight.border = 0,
  weight.edge.lengths = edge_density(graph)/10,
  weight.edge.crossings = 1 - sqrt(edge_density(graph)),
  weight.node.edge.dist = 0.2 * (1 - edge_density(graph))
)

with_dh(...)

参数

图	要布局的图。边方向被忽略。
coords	顶点的可选起始位置。如果此参数不是 NULL，则它应该是起始坐标的适当矩阵。
maxiter	第一阶段要执行的迭代次数。
fineiter	微调阶段的迭代次数。
cool.fact	冷却因子。
weight.node.dist	能量函数中节点-节点距离分量的权重。
weight.border	能量函数中与边界距离分量的权重。如果允许顶点位于边界上，则可以将其设置为零。
weight.edge.lengths	能量函数中边长分量的权重。
weight.edge.crossings	能量函数中边交叉分量的权重。
weight.node.edge.dist	能量函数中节点-边距离分量的权重。
...	传递给 layout_with_dh。

详细信息

此函数实现了 Davidson 和 Harel 的算法，参见 Ron Davidson, David Harel: Drawing Graphs Nicely Using Simulated Annealing. ACM Transactions on Graphics 15(4), pp. 301-331, 1996.

该算法使用模拟退火和一个复杂的能量函数，不幸的是，对于不同的图很难参数化。原始出版物没有披露任何参数值，下面的值是通过实验确定的。

该算法包括两个阶段：退火阶段和微调阶段。第二阶段没有模拟退火。

我们的实现试图尽可能地遵循原始出版物。唯一的主要区别是坐标被明确地保持在布局矩形的边界内。

值

一个两列或三列的矩阵，每行给出顶点的坐标，根据顶点 ID 的 ID。

作者

Gabor Csardi csardi.gabor@gmail.com

参考

Ron Davidson, David Harel: Drawing Graphs Nicely Using Simulated Annealing. ACM Transactions on Graphics 15(4), pp. 301-331, 1996.

参见

layout_with_fr, layout_with_kk 用于其他布局算法。

其他图布局: add_layout_(), component_wise(), layout_as_bipartite(), layout_as_star(), layout_as_tree(), layout_in_circle(), layout_nicely(), layout_on_grid(), layout_on_sphere(), layout_randomly(), layout_with_fr(), layout_with_gem(), layout_with_graphopt(), layout_with_kk(), layout_with_lgl(), layout_with_mds(), layout_with_sugiyama(), layout_(), merge_coords(), norm_coords(), normalize()

示例

set.seed(42)
## Figures from the paper
g_1b <- make_star(19, mode="undirected") + path(c(2:19, 2)) +
  path(c(seq(2, 18, by=2), 2))
plot(g_1b, layout=layout_with_dh)

g_2 <- make_lattice(c(8, 3)) + edges(1,8, 9,16, 17,24)
plot(g_2, layout=layout_with_dh)

g_3 <- make_empty_graph(n=70)
plot(g_3, layout=layout_with_dh)

g_4 <- make_empty_graph(n=70, directed=FALSE) + edges(1:70)
plot(g_4, layout=layout_with_dh, vertex.size=5, vertex.label=NA)

g_5a <- make_ring(24)
plot(g_5a, layout=layout_with_dh, vertex.size=5, vertex.label=NA)

g_5b <- make_ring(40)
plot(g_5b, layout=layout_with_dh, vertex.size=5, vertex.label=NA)

g_6 <- make_lattice(c(2,2,2))
plot(g_6, layout=layout_with_dh)

g_7 <- graph_from_literal(1:3:5 -- 2:4:6)
plot(g_7, layout=layout_with_dh, vertex.label=V(g_7)$name)

g_8 <- make_ring(5) + make_ring(10) + make_ring(5) +
  edges(1,6, 2,8, 3, 10, 4,12, 5,14,
        7,16, 9,17, 11,18, 13,19, 15,20)
plot(g_8, layout=layout_with_dh, vertex.size=5, vertex.label=NA)

g_9 <- make_lattice(c(3,2,2))
plot(g_9, layout=layout_with_dh, vertex.size=5, vertex.label=NA)

g_10 <- make_lattice(c(6,6))
plot(g_10, layout=layout_with_dh, vertex.size=5, vertex.label=NA)

g_11a <- make_tree(31, 2, mode="undirected")
plot(g_11a, layout=layout_with_dh, vertex.size=5, vertex.label=NA)

g_11b <- make_tree(21, 4, mode="undirected")
plot(g_11b, layout=layout_with_dh, vertex.size=5, vertex.label=NA)

g_12 <- make_empty_graph(n=37, directed=FALSE) +
  path(1:5,10,22,31,37:33,27,16,6,1) + path(6,7,11,9,10) + path(16:22) +
  path(27:31) + path(2,7,18,28,34) + path(3,8,11,19,29,32,35) +
  path(4,9,20,30,36) + path(1,7,12,14,19,24,26,30,37) +
  path(5,9,13,15,19,23,25,28,33) + path(3,12,16,25,35,26,22,13,3)
plot(g_12,  layout=layout_with_dh, vertex.size=5, vertex.label=NA)

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