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layout_with_fr {igraph}

R 文档

Fruchterman-Reingold 布局算法

描述

使用 Fruchterman 和 Reingold 的力导向布局算法在平面上放置顶点。

用法

layout_with_fr(
  graph,
  coords = NULL,
  dim = 2,
  niter = 500,
  start.temp = sqrt(vcount(graph)),
  grid = c("auto", "grid", "nogrid"),
  weights = NULL,
  minx = NULL,
  maxx = NULL,
  miny = NULL,
  maxy = NULL,
  minz = NULL,
  maxz = NULL,
  coolexp,
  maxdelta,
  area,
  repulserad,
  maxiter
)

with_fr(...)

参数

图	要布局的图。 边的方向被忽略。
coords	顶点的可选起始位置。 如果此参数不是 NULL，则它应该是起始坐标的适当矩阵。
dim	整数标量，2 或 3，布局的维度。 二维布局放置在平面上，三维布局放置在 3d 空间中。
niter	整数标量，要执行的迭代次数。
start.temp	实数标量，起始温度。 这是在一个步骤中，一个顶点沿一个轴允许的最大移动量。 目前，在迭代期间，它线性地减小到零。
grid	字符标量，是否使用更快但不太精确的基于网格的算法实现。 默认情况下（“auto”），如果图有超过一千个顶点，则使用基于网格的实现。
weights	给出边权重的向量。 默认情况下，如果存在，则使用 weight 边属性。 如果给定权重，则沿边的吸引力将乘以给定的边权重。 这会将连接高权重边的顶点更靠近彼此。 权重必须为正数。
minx	如果不是 NULL，则它必须是一个数值向量，它给出了顶点“x”坐标的下限。 向量的长度必须与图中的顶点数匹配。
maxx	与 minx 类似，但给出了上限。
miny	与 minx 类似，但给出了“y”坐标的下限。
maxy	与 minx 类似，但给出了“y”坐标的上限。
minz	与 minx 类似，但给出了“z”坐标的下限。
maxz	与 minx 类似，但给出了“z”坐标的上限。
coolexp, maxdelta, area, repulserad	从 igraph 版本 0.8.0 开始不支持这些参数，并且会被忽略（并发出警告）。
maxiter	为了兼容性，niter 的已弃用的同义词。
...	传递给 layout_with_fr。

详细信息

有关该算法的详细信息，请参阅下面引用的论文。

此函数在 igraph 版本 0.8.0 中从头开始重写。

值

一个两列或三列矩阵，每行给出顶点的坐标，根据顶点 ID 的 ID。

作者

Gabor Csardi csardi.gabor@gmail.com

参考

Fruchterman, T.M.J. and Reingold, E.M. (1991). Graph Drawing by Force-directed Placement. Software - Practice and Experience, 21(11):1129-1164.

参见

layout_with_drl, layout_with_kk 用于其他布局算法。

其他图布局: add_layout_(), component_wise(), layout_as_bipartite(), layout_as_star(), layout_as_tree(), layout_in_circle(), layout_nicely(), layout_on_grid(), layout_on_sphere(), layout_randomly(), layout_with_dh(), layout_with_gem(), layout_with_graphopt(), layout_with_kk(), layout_with_lgl(), layout_with_mds(), layout_with_sugiyama(), layout_(), merge_coords(), norm_coords(), normalize()

示例

# Fixing ego
g <- sample_pa(20, m=2)
minC <- rep(-Inf, vcount(g))
maxC <- rep(Inf, vcount(g))
minC[1] <- maxC[1] <- 0
co <- layout_with_fr(g, minx=minC, maxx=maxC,
                                  miny=minC, maxy=maxC)
co[1,]
plot(g, layout=co, vertex.size=30, edge.arrow.size=0.2,
     vertex.label=c("ego", rep("", vcount(g)-1)), rescale=FALSE,
     xlim=range(co[,1]), ylim=range(co[,2]), vertex.label.dist=0,
     vertex.label.color="red")
axis(1)
axis(2)

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