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layout_with_graphopt {igraph}

R 文档

graphopt 布局算法

描述

一种力导向布局算法，可以相对较好地扩展到大型图。

用法

layout_with_graphopt(
  graph,
  start = NULL,
  niter = 500,
  charge = 0.001,
  mass = 30,
  spring.length = 0,
  spring.constant = 1,
  max.sa.movement = 5
)

with_graphopt(...)

参数

图	输入图。
开始	如果给定，则它应该是一个具有两列的矩阵，每行对应一个顶点。该矩阵将用作算法的起始位置。如果未给定，则使用随机起始矩阵。
niter	整数标量，要执行的迭代次数。一般来说应该是几百次。如果您的图很大，那么您可能只想进行几次迭代，然后检查结果。如果结果不够好，您可以将其再次输入到 start 参数中。默认值为 500。
charge	顶点的电荷，用于计算电斥力。默认值为 0.001。
mass	顶点的质量，用于弹簧力。默认值为 30。
spring.length	弹簧的长度，一个整数。默认值为零。
spring.constant	弹簧常数，默认值为 1。
max.sa.movement	实数常数，它给出了沿单个轴单步允许的最大移动量。默认值为 5。
...	传递给 layout_with_graphopt。

详细信息

layout_with_graphopt 是 Michael Schmuhl 的 graphopt 布局算法的一个移植版本。 graphopt 0.4.1 版本是用 C 语言重写的，并且删除了对层的支持（可能会在以后添加），并且代码经过了一些重组，以避免在节点电荷（见下文）为零时的一些不必要的步骤。

graphopt 使用物理类比来定义顶点之间的吸引力和排斥力，然后模拟物理系统直到达到平衡。（没有模拟退火或类似的机制，因此不能保证稳定的固定点。）

另请参见 http://www.schmuhl.org/graphopt/ 以获取原始 graphopt。

值

一个具有两列的数值矩阵，每行对应一个顶点。

作者

Michael Schmuhl 编写了原始 graphopt 代码，Gabor Csardi 重写并封装了代码 csardi.gabor@gmail.com。

参见

其他图布局: add_layout_(), component_wise(), layout_as_bipartite(), layout_as_star(), layout_as_tree(), layout_in_circle(), layout_nicely(), layout_on_grid(), layout_on_sphere(), layout_randomly(), layout_with_dh(), layout_with_fr(), layout_with_gem(), layout_with_kk(), layout_with_lgl(), layout_with_mds(), layout_with_sugiyama(), layout_(), merge_coords(), norm_coords(), normalize()

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